Welcome to Molecular Station! Velkommen til Molekylær station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Du er nødt til at registrere før du kan skrive indlæg på vores fora eller brug vores avancerede funktioner. Register Now! Tilmeld dig nu! Its Free and Fast! Dens frie og hurtigt!

Already registered? Allerede registreret? Login now below. Login nu nedenfor.

User Name: Bruger Navn:

Password:

Remember Me? Remember Me?

Already registered and Forgot your password? Allerede registreret og Har du glemt dit password? Click below to recover it. Klik nedenfor for at genoprette den.

Recover Lost Password Recover Lost Password

Join now - it's fast and free! Tilmeld dig nu - det er hurtigt og gratis!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molekylær Station er det største netværk af forskere, videnskabsmænd og videnskab kærester overalt!

Recent Forum Posts Nyt Forum Posts

Proteomics Home Proteomics Home	Proteomic Protocols Molecular Station Proteomiske protokoller Molekylær Station	Proteomic Protocols (external links) Proteomiske protokoller (eksterne links)	Proteomic Bioinformatics Proteomiske Bioinformatik	Proteomic FAQ Proteomiske FAQ	Proteomic Kits and Products Proteomiske Kits og Produkter	Proteomic Forum Proteomiske Forum	Proteomics Blog Proteomics Blog	Books on Proteomics Bøger om Proteomics	Proteomic News Proteomiske Nyheder

Protein Identification Techniques Protein identifikationsteknikker

Proteins can be seperated by 2-D Gel Electrophoresis and Identified with Mass Spectrometry Proteiner kan adskilles med 2-D gelelektroforese og identificeret med Mass Spectrometry

Protein content of a cell is estimated to consist of thousands of different types of proteins Protein indholdet af en celle skønnes at bestå af tusinder af forskellige typer af proteiner
with a dynamic range of expression. med en dynamisk vifte af udtryksformer. The technology that is currently being used involves the retrieval of the protein components, fractionation of this very complex mixture, Den teknologi, der anvendes for øjeblikket indebærer hentning af proteinet komponenter, fraktionering af dette meget komplekse blanding,
enzymatic proteolysis of each separated and isolated species, extensive mass spectrometric analysis and finally matching the structural data generated against a database of known proteins or anticipated genome expression products. enzymatisk proteolyse af hver adskilt og isoleret arter, omfattende masse spektrometrisk analyse og endelig matcher de strukturelle data, der genereres mod en database over kendte proteiner eller forventede genom udtryk produkter.
This procedure involves an initial step using 1- or 2-dimensional electrophoresis (DE). Denne procedure indebærer et første skridt ved hjælp af 1 - eller 2-dimensional elektroforese (DE). Using 1-DE, proteins are separated on the basis of molecular mass; the technique is reproducible and can be used for proteins in the mass range of 10–300 kDa, but does have limited resolution. Brug 1-DE, proteiner er adskilt på grundlag af molekylemasse; teknikken er reproducerbare og kan bruges til proteiner i massen vifte af 10-300 kDa, men har begrænset opløsning.
For separation of more complex protein mixtures, 2-DE is the preferred method. For adskillelse af mere komplekse protein blandinger, 2-DE er den foretrukne metode. This involves separating the proteins first according to their net charge by an isoelectric focusing step and then, in the second dimension, according to their molecular mass employing sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) which gives a high separation efficiency. Dette indebærer adskillelse af proteiner første henhold til deres netto gebyr ved en isoelectric fokus skridt, og derefter, i den anden dimension, alt efter deres molekylemasse beskæftiger natriumdodecylsulfat-polyacrylamid gel elektroforese (SDS-PAGE), som giver en høj adskillelse effektivitet.
Mass spectrometry (MS) is the method of choice for the identification Massespektrometri (MS) er den foretrukne metode til identifikation
of the separated proteins, and 2-DE and mass spectrometry af den udskilte proteiner, og 2-DE og mass spectrometry
now represent a technology by which several thousand proteins can be separated, detected and identified in an automated fashion. nu udgør en teknologi, hvor flere tusinde proteiner kan adskilles, opdages og identificeres i en automatiseret måde.
Proteomics methodology is initially done by protein separation and location by 2-DE followed by excision of the proteins of interest which then undergo proteolytic digestion to yield a mixture of peptide fragments. Proteomics metode er i første omgang gøres ved protein separation og placering ved 2-DE efterfulgt af excision af proteiner af interesse, som derefter underkastes proteolytic fordøjelsen fører til en blanding af peptid fragmenter. The peptides are analysed by mass spectrometry, initially using MALDI-MS for molecular mass determination and generation of a peptide mass fingerprint. De peptider analyseres ved massespektrometri, i første omgang ved hjælp af MALDI-MS for molekylemasse beslutsomhed og generering af et peptid masse fingeraftryk. If database searching at this stage yields ambiguous results, a second mass spectrometric analysis, ESI-MS/MS, is used to generate sequence information which is used for more stringent database searching. Hvis søgning på databaser på nuværende tidspunkt giver tvetydige resultater, en anden masse spektrometrisk analyse, ESI-MS/MS, der bruges til at generere sekvensen oplysninger, der er anvendt til strengere database søgning.
From the mass spectrum obtained on analysis of the protein digest mixture, the peptide mass map or peptide mass fingerprint ie the molecular masses of the peptide fragments, can be ascertained. Fra mass spectrum udleveres på analyse af protein fordøje blanding, peptid masse kortet eller peptid masse fingeraftryk dvs. den molekylære masser af peptid fragmenter, kan fastslås. Often, if the amino acid sequence is sufficiently unique and the mass Ofte, hvis aminosyresekvens er tilstrækkelig unik og massen
accuracy sufficiently high, the mass map can be used to search databases 12–15 to identify the protein successfully without the need for further analyses. nøjagtighed tilstrækkeligt højt, massen kortet kan bruges til at søge i databaser 12-15 til at identificere de protein succes uden behov for yderligere analyser. If, however, database searching leads to ambiguous results, then further MS analyses, involving the use of tandem mass spectrometry (MS/MS), are undertaken sequentially on each peptide in the mixture to generate a sequence, or partial sequence, known as a sequence tag, for these peptides. Hvis imidlertid, søgning på databaser fører til tvetydige resultater, derefter yderligere MS analyser, der omfatter anvendelse af tandem massespektrometri (MS / MS), er forpligtet sekventielt på hver peptid i blandingen til at generere en sekvens eller delvise sekvens, der er kendt som en sekvens tag, for disse peptider. This is frequently achieved by the use of ESI-MS/MS19 and usually an additional purification step must be performed to separate the peptides from the salts and detergents that may be present which cause attenuation of the peptide signal. Dette er ofte opnået ved brug af ESI-MS/MS19 og sædvanligvis et ekstra rensning skridt må være udført at adskille peptider fra salte og rengøringsmidler, der kan være til stede som forårsager dæmpning af peptid-signal.

Further database searching with both the molecular mass of the peptide Yderligere søgning på databaser med både molekylære masse af peptid
and the sequence tag information should lead to unambiguous protein identification. og sekvens tag oplysninger bør føre til en entydig protein identifikation.