Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatika, protokoly, DNA, RNA bílkovin Proteomics

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologie Home protokoly bioinformačních nástrojů biologie Fórum molekulární biologie Encyclopaedia molekulární biologie Obrázky Přidat k oblíbeným!

home > protein-microarrays > protein-chip-types > index.php home> protein-microarrays> protein-čip-typy> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molekulární biologie Domů Věda Sport Věda Video DNA, RNA bílkovin Proteomics výzkum BETA! Bioinformatika Lab Vybavení molekulární biologie Techniky molekulární biologie Produkty a služby související Biologie Odkazy

Molecular Biology Blog Molekulární biologie Blog

Send this page to a friend Pošlete tuto stránku svému příteli

Intracellular Stations Intracelulární stanic

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Protilátka botaniky společného Vymazat Vymazat Alphabetic Knihkupectví buněčné biologie a kulturu gel Elektroforeza histologie Microarrays imunologie Mass Spectrometry mikrobiologie Molekulární Imaging peptid Proteomics Bílkoviny Microarray Chips PCR, Real-Time PCR a siRNA RNAi Stonek Buňka Biologie transfekce Western Blot

Protein Array Protocols Protein Array protokoly	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatika	Learn about Protein Arrays Získejte informace o Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array sady a produkty	Protein Array Forum Protein Array fórum	Proteomic News Proteomická Novinky

Types of Protein Microarray and Antibody Chips Typy bílkovin Microarray a Antibody Chips

Protein and Antibody Microarrays Bílkoviny a Antibody Microarrays

Protein Chips and Antibody Microarrays - Glass Slides, Microwell/Nanowell Bílkoviny Chips a Antibody Microarrays - skleněná sklíčka, Microwell / Nanowell

Two major protein chip formats are now used, including glass slides and nanowells (8,27).ÿ Due to the large amounts of slide adherence methods only the most common and major types will be mentioned here. Dva významné bílkoviny čip formáty jsou dnes používány, včetně skleněných diapozitivů a nanowells (8,27). Vzhledem k velkému množství snímek dodržování metod pouze nejběžnější a hlavní druhy budou uvedeny zde.
It is important that protein chips retain proteins in an active state at high densities, are compatible with most commercial arrayers and scanners, and can be printed in such a fashion that the proteins remain in a moisturized environment (8,27). Je důležité, aby bílkoviny čipy udržení proteinů v aktivním stavu na vysoké hustoty, jsou kompatibilní s většinou komerčních arrayers a skenerů, a může být vytištěn takovým způsobem, že bílkoviny zůstávají v zvlhčení prostředí (8,27). (See Figure 2). (Viz obr. 2).

Glass Slide Chips Sklíčko Chips
Glass slides have the advantage that they are compatible with standard microarray equipment and detection equipment used for DNA chips.ÿ They are also inexpensive.ÿ The majority of studies are now using glass slides.ÿ However, they have a high evaporation rate and are susceptible to possible cross-contamination (8,27). Skleněné diapozitivy mají tu výhodu, že jsou kompatibilní s normou Microarray vybavení a detekční zařízení používaná pro DNA čipů. Jsou také levná. Většina studií se nyní používají skleněné diapozitivy. Však mají vysoké odpařování sazby a jsou náchylné na možné křížové - kontaminace (8,27).
The first strategies for the creation of protein arrays on glass were developed by Mirzabekov et al..ÿ Arrays were produced by immobilizing proteins in tiny gel pockets that were attached to the glass surface.ÿ A variety of immunoassays, antigen detection, and enzymatic assays were carried out.ÿ Due to the 3D matrix structure, protein immobilization was very efficient (28-30). První strategií pro vytváření bílkovin pole na skle byla vyvinuta Mirzabekov et al .. Arrays byly vyrobené immobilizing bílkovin v maličké gel kapes, které byly přiloženy k povrchu skla. Celá řada imunologických, zjištění antigenu, a enzymatické testy byly provedeny ven. Vzhledem k tomu, 3D maticové struktuře, imobilizaci bílkovin je velmi efektivní (28-30).
In another study, proteins were attached to a glass surface activated with a crosslinking agent that reacts with primary amines (31).ÿ Proteins were spotted in a 40% glycerol solution which keeps proteins in a wet environment and prevents dehydration.ÿ To determine that their protein microarrays were feasible for biochemical assays, they tested three known protein-protein interactions, three known kinase-substrate reactions, and three known protein-ligand interactions using fluorophore-tagged proteins, radiolabeled ATP, and synthetic ligands coupled to fluorescently labeled bovine serum albumin (BSA), respectively.ÿ In most of the experiments, small numbers of proteins were spotted however in one experiment they identified a single spot within an array of 10,000 spots containing one other protein.ÿ This work demonstrated the potential of protein microarrays in large-scale biochemical assays however their study analyzed a very small number of proteins and novel activities were not identified. V jiné studii, proteinů byla připojena k povrchu skla aktivovány s crosslinking agent, který reaguje s primární aminy (31). Proteins byly spatřen v 40% glycerolu řešení, které vede bílkovin ve vlhké prostředí a zabraňuje dehydrataci. Chcete-li zjistit, že jejich bílkovin microarrays byly proveditelné pro biochemické testy, budou otestovány i tři známé protein-proteinových interakcí, tři známé kinázy-substrátu reakce, a tři známí protein-ligand interakce pomocí fluorophore-označené proteiny, radiolabeled ATP a syntetické ligandy vázané na fluorescenčně označené hovězí sérum albumin ( BSA), resp. Ve většině experimentů, malé množství bílkovin se nanese však v jednom experimentu jsou identifikovány jedinou místě do pole na 10000 skvrny obsahující jeden další bílkoviny. Tato práce prokázala potenciál bílkoviny microarrays ve velkém měřítku-biochemické testy však své studii analyzována velmi malé množství bílkovin a nové aktivity nebyly identifikovány.
Another study used glass slides for the detection of several protein antigens.ÿ Analytes were spotted onto a treated glass surface at high density using a hand-spotting device or a microarray robot.ÿ The spotted analytes were detected using antibodies attached to an oligonucleotide primer and a rolling circle amplification reaction.ÿ The technique had a high sensitivity, a wide dynamic range, and excellent spot-to-spot reproducibility Jiná studie použité sklo sklíčka pro detekci několika bílkovin antigeny. Analytů byl spatřen na určitý ošetřené sklo plocha na vysoké hustoty s použitím ručních-detekce zařízení nebo Microarray robota. V skvrnitá analytů byly detekovány pomocí protilátek připevnění na oligonukleotidové primerů a klouzavý kruh zesílení reakce. Tato metoda má vysokou citlivost, široký dynamický rozsah a vynikající místě-na-místě reprodukovatelnost
(32).
Most groups now directly array proteins and antibodies onto plain glass slides (31,33-35) and spotting is carried out in a humidity-controlled environment (8). Většina skupin nyní přímo pole proteiny a protilátky na hladké skleněné diapozitivy (31,33-35) a detekce je prováděna v vlhkosti-kontrolovaném prostředí (8).

Microwell/Nanowell Chips Microwell / Nanowell Chips
Compatible with standard microarray and detection equipment however alignment is required.ÿ This method is versatible for solution-based assays and multiple-component reactions.ÿ Evaporation is reduced and there is no cross-contamination.ÿ Also these chips are relatively inexpensive (8,27). Kompatibilní s normou Microarray a detekčních zařízení, nicméně je potřebné. Versatible Tato metoda je založena na řešení-testy a více-složky reakce. Vypařování se snižuje a není-křížové kontaminace. Také tyto čipy jsou relativně levné (8,27).
Zhu et al., fabricated an open structure, namely nanowells on a polydimethylsiloxane (PDMS) surface supported by the standard glass slides (36). Zhu et al., Zhotovený otevřenou strukturu, a to nanowells na Polydimethylsiloxan (PDMS) povrchové podporována standardním skleněná sklíčka (36).
These chips consist of an array of microwells in a disposable silicone elastomer, poly(dimethylsiloxane) (PDMS) (37). Tyto čipy se skládají z pole na microwells v prodejní silikonový elastomer, poly (dimethylsiloxane) (PDMS) (37). Microwell arrays allow small volumes of different analytes to be densely packed on a single chip, yet remain physically segregated during subsequent batch processing. Microwell pole umožňují malé objemy různých analytů, které mají být hustě zabaleny v jediném čipu, zatím zůstávají fyzicky oddělené během následné dávkové zpracování. Proteins were covalently attached to the wells using a crosslinker 3-glycidoxypropyltrimethoxysilane (GPTS) (38). Proteiny byly kovalentně připojena do jamky pomocí crosslinker 3-glycidoxypropyltrimethoxysilane (GPTS) (38).
Captured molecules can be easily recovered from the nanowells.ÿ When covered with gold in the nanowells, it is expected that high-throughput mass spectrometry and surface plasmon resonance analyses can be performed.ÿ The greatest disadvantage of this technique is that specialzed equipment is required to load the nanowells at high density (8,27). Sebrané molekul mohou být snadno získána zpět z nanowells. Vztahuje-li se na zlatem v nanowells, očekává se, že vysoce-průchodnost hmotnostní spektrometrie a povrchové plasmon rezonance analýzy mohou být provedeny. Největší nevýhodou této metody je, že specialzed zařízení je povinen zatížení na nanowells při vysoké hustotě (8,27).

Next: Protein and Antibody Attachment Methods - Creation of a Microarray Chip Další: Bílkoviny a Antibody Připojovací metody - Vytvoření Microarray Chip

Go Back to: Zpět na:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Úvod a pozadí na Bílkoviny Chips a Antibody Chips.

References for Protein and Antibody Microarrays Odkazy na bílkoviny a Antibody Microarrays