Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatika, protokoly, DNA, RNA bílkovin Proteomics

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologie Home protokoly bioinformačních nástrojů biologie Fórum molekulární biologie Encyclopaedia molekulární biologie Obrázky Přidat k oblíbeným!

home > protein-microarrays > protein-chip-attachment > index.php home> protein-microarrays> protein-čip-připojovací> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molekulární biologie Domů Věda Sport Věda Video DNA, RNA bílkovin Proteomics výzkum BETA! Bioinformatika Lab Vybavení molekulární biologie Techniky molekulární biologie Produkty a služby související Biologie Odkazy

Molecular Biology Blog Molekulární biologie Blog

Send this page to a friend Pošlete tuto stránku svému příteli

Intracellular Stations Intracelulární stanic

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Protilátka botaniky společného Vymazat Vymazat Alphabetic Knihkupectví buněčné biologie a kulturu gel Elektroforeza histologie Microarrays imunologie Mass Spectrometry mikrobiologie Molekulární Imaging peptid Proteomics Bílkoviny Microarray Chips PCR, Real-Time PCR a siRNA RNAi Stonek Buňka Biologie transfekce Western Blot

Protein Array Protocols Protein Array protokoly	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatika	Learn about Protein Arrays Získejte informace o Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array sady a produkty	Protein Array Forum Protein Array fórum	Proteomic News Proteomická Novinky

Protein Attachment to Microarray Chips Bílkoviny Připojení k Microarray Chips

Protein and Antibody Microarrays Bílkoviny a Antibody Microarrays

Creation and Manufacture of Protein and Antibody Microarray Chips Tvorba a Výroba bílkovin a Antibody Microarray Chips

Attachment Připojovací
To attach proteins to a solid surface, the surface of the substrate has to be modified to achieve maximum binding capacity (8,27).˙ The proteins are attached to the chip on a protein attachment layer (see Figure 3).˙ This layer is typically an organic film which varies with the nature of the application.˙ A variety of materials have been studied including agarose (39), dextran-based hydrogel (40), porous polyacrylamide hydrogel˙ hydrophilic polymers and polyamino acids (41). Chcete-li připojit bílkovin na pevný povrch, povrch substrátu musí být upraven tak, aby se dosáhlo maximální vazební schopnost (8,27). Proteiny se připojuje k čipu na bílkoviny připojovací rovině (viz obr. 3). Tato vrstva je obvykle organické film, který se pohybuje s charakterem žádosti. celá řada materiálů byla studována včetně agarózy (39), dextran-založené hydrogelem (40), porézní polyakrylamidovém hydrogelem hydrofilních polymerů a polyamino kyseliny (41).
A convenient attachment method used nitrocellulose-membrane or poly-L-Lysine coated glass such that proteins could be passively absorbed onto the surface through non-specific interactions (34,42,43).˙ The attached proteins bind onto the surface in random orientations and can be washed off under stringent washing conditions.˙ However, the noise level is usually higher because of the non-specific absorption/adsorption. Pohodlný způsob upevnění použité nitrocelulózy-membránou nebo poly-L-lysin potažená skla tak, že proteiny by mohly být pasivně absorbována na povrch prostřednictvím non-specifické interakce (34,42,43). Přiložené bílkoviny váží na povrch v náhodných směrů a může být smyta pod přísným mytí podmínek. Nicméně, hladina hluku je obvykle vyšší, protože na non-specifické absorpční / adsorpce.
A more specific and stronger attachment is achieved by creating reactive surfaces on glass that can covalently cross-link to proteins (31,36,26).˙ A bifunctional silane cross-linker is used to form a self-assembled monolayer (SAM), which has one functional group that reacts with the hydroxyl groups on glass the glass surface, and another group which is free to react with primary amine groups of proteins or can be further chemically modified to reach maximum specificity (44,45).˙ Another variation is gold-coated glass (46,47).˙ The advantage of gold-coated chips is that SPR and mass spectrometry can be integrated as detection methods to monitor the dynamics of the reaction, and to identify the captured molecules. Větší a silnější oddanost je dosaženo tím, že se vytvoří reaktivní plochy, na sklo, které může kovalentně kříž-vazba na bílkoviny (31,36,26). V bifunctional silan kříž-linker je použít k vytvoření vlastní-shromáždili na jednovrstvé (SAM), který má jeden funkční skupiny, která reaguje s hydroxylovými skupinami na skleněný povrch skla, a jiné skupiny, která je zdarma k reagují s primární amin skupiny bílkovin nebo může být dále chemicky upraven tak, aby dosáhly maximální specifičnost (44,45). Jinou variantou je zlato - potažená skla (46,47). Výhodou zlato-potažená čipů je, že SPR a hmotnostní spektrometrie mohou být integrovány jako detekční metody sledování dynamiky reakce, a určit zachyceny molekuly.
The above-mentioned covalent cross-linking approaches however have a disadvantage. Výše uvedené zmíněné-kovalentní-kříž spojující přístupy však mají nevýhodu. Due to the fact that reactive ligands also exist in the side chains of proteins it is possible that their random attachment may alter the native confirmation of proteins, reduce the activity of proteins, or make them inaccessible to probes (8,27). Vzhledem k tomu, že reaktivní ligandy, existují také v bočních řetězců bílkovin, že je možné, že jejich náhodné obstavení může změnit původní potvrzení bílkovin, snížení aktivity na proteiny, nebo aby byly nedostupné pro sondy (8,27).
In order to orient proteins uniformily away from the surface of the chip, proteins may be fused with a high-affinity tag at their amino or carboxy termini.˙ With this method, immobilized proteins/antibodies are more likely to remain in their native conformation, thus allowing the analytes efficient access to the active sites of the proteins.˙ This method was first successfully demonstrated with the attachment of 5800 fusion proteins containing a His tag onto a nickel-coated glass slide (26).˙ Other affinity methods such as glutathione/GST have also been used (48). Aby se orientovat bílkovin uniformily pryč od povrchu čipu, bílkovin mohou být propojeny s vysokou afinitou-štítkem na jejich amino nebo karboxylové zastávek. S touto metodou, znehybněné proteinů / protilátek je vyšší pravděpodobnost, že zůstane ve svém rodném zmasilosti, a tak analytů umožňuje efektivní přístup k aktivní internetové stránky jednotlivých proteinů. Tato metoda byla poprvé úspěšně prokázala, se špičkami 5800 syntézy proteinů, obsahující jeho značku vedoucí na nikl-potažená sklíčko (26). afinitu Jiné metody, jako jsou glutathione / GST mít Rovněž bylo použito (48).
Streptavidin based immobilization methods have been also widely employed to attach any biotinylated biological element to the array surface (49). Streptavidin založena znehybnění metody byly široce využity na připojit Biotinylated biologický prvek do pole plocha (49).
The chip support material is important because proteins are highly sensitive to physiochemical properties.˙ For example, polar arrays are chemically treated to bind to hydrophilic proteins however such surfaces are unsuitable for cell membrane proteins (eg G-protein coupled receptors) as they possess hydrophobic domains (9). Čipu pomocného materiálu je důležitá, protože proteiny jsou vysoce citlivé na fyzikálně-chemické vlastnosti. Například polární pole jsou chemicky ošetřeny, aby se vázal na hydrofilních proteinů však takové plochy jsou nevhodné pro buněčnou membránou bílkoviny (např. G-proteinů vázanou receptory), které mají hydrofobní domény (9).
Proteins do not behave like nucleic acids, and different proteins will behave in different ways when exposed to the same surface chemistry.˙ Different types a surface chemistries will thus promote the retention of some proteins and cause denaturation or loss of activity of others.˙ Therefore, the proper choice of surface chemistry is important as this will allow immobilized proteins of diverse types to retain their secondary and tertiary structures, and thus their biological activity.˙ This problem is magnified when the number of different spots on the chip increases, as there may be 100 different ways to immobilize 100 different proteins in order to obtain proper folding and function of all the proteins.˙ Also a significant problem is because the functions of most proteins are currently unknown, so there is no method to actually test whether they are still functional on the chip (7). Bílkoviny nemají chovat jako nukleové kyseliny, bílkoviny a různé budou chovat různě, když jsou vystaveni stejným plocha chemie. Rozdílných typů povrch, chemistries tedy bude podporovat zachování některých bílkovin a způsobit denaturaci nebo ztráty z jiných činností. Proto se řádné volby povrchové chemie je důležité, protože to umožní znehybněné proteiny různých typů zachována jejich sekundární a terciární struktury, a tím jejich biologické aktivity. Tento problém je veliké, když počet různých úhlů na čipu se zvyšuje, jak zde může být 100 různé způsoby, jak znehybnit 100 různých proteinů, za účelem získání řádné skládání a funkce všech proteinů. Rovněž významný je problém, protože většina funkcí na bílkoviny jsou v současné době znám, takže není žádný způsob, který má skutečně vyzkoušet, zda jsou stále funkční, na čip (7).

Next: Protein Chip Delivery Methods Další: Protein Chip Dodací Metody

References for Protein and Antibody Microarrays Odkazy na bílkoviny a Antibody Microarrays

Back to: Návrat:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Úvod a pozadí na Bílkoviny Chips a Antibody Chips.

Types of Antibody and Protein Chips Typy protilátek a bílkovin Chips