Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatika, protokoly, DNA, RNA bílkovin Proteomics

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologie Home protokoly bioinformačních nástrojů biologie Fórum molekulární biologie Encyclopaedia molekulární biologie Obrázky Přidat k oblíbeným!

home > protein-microarrays > applications-protein-chips > index.php home> protein-microarrays> aplikace-protein-čipy> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molekulární biologie Domů Věda Sport Věda Video DNA, RNA bílkovin Proteomics výzkum BETA! Bioinformatika Lab Vybavení molekulární biologie Techniky molekulární biologie Produkty a služby související Biologie Odkazy

Molecular Biology Blog Molekulární biologie Blog

Send this page to a friend Pošlete tuto stránku svému příteli

Intracellular Stations Intracelulární stanic

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Protilátka botaniky společného Vymazat Vymazat Alphabetic Knihkupectví buněčné biologie a kulturu gel Elektroforeza histologie Microarrays imunologie Mass Spectrometry mikrobiologie Molekulární Imaging peptid Proteomics Bílkoviny Microarray Chips PCR, Real-Time PCR a siRNA RNAi Stonek Buňka Biologie transfekce Western Blot

Protein Array Protocols Protein Array protokoly	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatika	Learn about Protein Arrays Získejte informace o Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array sady a produkty	Protein Array Forum Protein Array fórum	Proteomic News Proteomická Novinky

Applications of Protein Microarrays Aplikace Protein Microarrays

Protein and Antibody Microarrays Bílkoviny a Antibody Microarrays

Protein Chip Applications Protein Chip Aplikace

Applications of Protein Chips Aplikace Bílkoviny Chips
1) Proteomics 1) Proteomics
Protein chip technologies will provide a powerful, high-throughput and versatile tool for the genome-scale analysis of gene function (see Figure 4).˙ Enzyme activity, protein–protein and protein–nucleic-acid interactions, and small-molecule drug interactions may all be analyzed directly on the protein level (77,78).˙ Arrays may be engineered to address protein identification, quantitation, and affinity studies.˙ A profiling array may quantitate levels of specific proteins on a global scale allowing for a comparison of normal and disease states.˙ An affinity array may analyze the interactions of peptides, proteins, oligonucleotides, sugars, lipids, or small molecules and chemicals with immobilized proteins such as receptors, enzymes, or antibodies (8). Bílkoviny čipovou technologií poskytují silné, vysoce-průchodnost a univerzální nástroj pro analýzu genomu-stupnice na genové funkce (viz obr. 4). Aktivity enzymu, bílkoviny-proteiny a bílkoviny-nukleové kyseliny-interakce a malé molekuly-lékových interakcí května všechny budou analyzovány přímo na úrovni proteinů (77,78). Arrays může být inženýrství na adresu bílkovin identifikace, detekce a afinitu studií. V profilování pole května quantitate úrovně specifické proteiny v celosvětovém měřítku, které umožní srovnání běžné a nemoci států. An afinitu pole května analyzovat interakce peptidů, bílkovin, oligonucleotides, cukrů, tuků, nebo malých molekul a chemických látek s znehybněné bílkovin, jako jsou receptory, enzymy nebo protilátky (8).
Currently, the rate-limiting step is the production of large numbers of proteins. V současné době je sazba-omezení krokem je výroba velkého množství bílkovin. The ability to automate protein production and proteins fused to high-affinity tags will greatly expedite protein-chip development. Schopnost automatizovat výrobu bílkovin a bílkovin taveného na vysokou afinitou-značky se výrazně urychlí protein-čip rozvoje. ˙High-density chips containing large sets of proteins or even entire proteomes will allow the high-throughput analysis of biochemical activities, protein–protein interactions and post-translational modifications, such as phosphorylation, dephosphorylation, protein methylation, and ubiquitination. High-hustota čipy obsahující velké soubory na proteiny nebo dokonce celé proteomes umožní vysokou průchodnost-biochemické analýzy činností, protein-proteinových interakcí a post-translační modifikací, jako jsou fosforylace, dephosphorylation, bílkovin methylace, a ubiquitination.

The ultimate goal of proteomics is to the study biochemical activities of every protein encoded by an organism or proteome.˙ A landmark study conducted prepared the first proteome chip by cloning ~94% (>5800 of 6200) of the yeast open reading frames in a yeast expression vector which expressed the proteins as N-terminal GST-His x6 double tagged fusions.˙ A high-throughput yeast protein purification method was developed to individually purify proteins. Konečným cílem proteomiky je studie biochemické aktivity každého proteinů kódovaných o organismu nebo proteomová. Mezník studie připraveny první proteomová čip o klonování ~ 94% (> 5800 na 6200) z kvasinek otevřené čtení snímků v kvasinka vyjádření vektoru, který vyjádřil proteiny jako N-terminální GST-x6 Jeho dvojí označili splynutí. Vysoký-propustnost droždí bílkovin čištění metoda byla vyvinuta k tomu, aby očistil proteiny. 80% of yeast proteins were full length and of sufficient quantity to be detectable by most assay types. 80% proteinů kvasinky byly plné délce a na dostatečném množství, aby bylo možné detekovat u většiny typů testu. The proteins were then purified using the GST tags and were then attached to Ni-NTA-coated glass slides using the HisX6 tags.˙ In addition to identifying known interactions, 33 novel binding proteins were detected.˙ 150 novel lipid-binding proteins were also identified.˙ This study demonstrated that an entire proteome can be immobilized on a glass surface to directly screen for interactions with proteins and small molecules (26). Proteiny byly pak očistili pomocí GST štítky a byly pak připojuje k Ni-NTA-potažená skla diapozitivů pomocí HisX6 značek. Navíc k identifikaci známých interakcí, 33 nových proteinů vázajících byly zjištěny. 150 nových lipidů-proteinů vázajících byly rovněž zjištěny. Tato studie prokázala, že celý proteomová může být imobilizován na skleněné plochy přímo na obrazovce pro interakce s proteiny a malé molekuly (26).
The coupling of mass-spectrometry and protein chips will have wide applications in identifying players in protein–protein interactions, and also in drug discovery (80). Spoje hromadného-spektrometrie a bílkovin čipy budou mít široké využití v identifikaci hráčů v protein-proteinových interakcí, a také ve vývoji léčiv (80). ˙Proteins and small-molecule ligands bound to proteins immobilized on chip can be identified using matrix-assisted laser desorption/ionisation time of flight (MADLI-TOF) mass spectroscopy. Proteiny a malé molekuly-ligandy vázané na bílkoviny znehybněné na čipu lze identifikovat pomocí matice-nápomocen laserová desorpce / ionizace doby letu (MADLI-TOF) hmotnostní spektroskopie. ˙Microwell formats are particularly suited for this purpose. Microwell formáty jsou obzvláště vhodné pro tento účel. Thus, molecules and proteins that specifically bind to many different proteins can be identified and this information can be used to deduce molecular networks and pathways. Proto molekuly a proteiny, které se specificky váží na mnoho různých proteinů mohou být určeny a tyto informace mohou být použity k dovodit molekulární sítě a cesty.
One area that will require technological improvements is the analysis of membrane proteins. Jednou z oblastí, které budou vyžadovat technologických vylepšení je analýza membránových proteinů. ˙A large amount of proteins are likely to be membrane-bound, since as many as one third of all yeast proteins are membrane proteins or secreted proteins (81). Velké množství bílkovin je pravděpodobné, že budou-membránou vázán, protože až jedna třetina všech bílkovin z kvasnic jsou membránové proteiny nebo secreted bílkoviny (81). Due to the fact that many of these proteins are active when in membranes, it therefore may be necessary to purify or reconstitute them with associated lipids. Vzhledem ke skutečnosti, že mnohé z těchto proteinů jsou aktivní, když v membrán, se proto může být nutné čistit, nebo rekonstruovat z nich jsou spojena s lipidy. However, this may not be so difficult. Avšak to nemůže být tak těžké. One group was able to immobilize biotinylated membranes that contain the G-protein-coupled receptor rhodopsin on a gold-coated glass surface, and establish a functional assay for that protein (82). Jedna skupina byla schopna znehybnit Biotinylated membrány, které obsahují G-protein-vázanou receptoru rhodopsin na zlato-potažená skla povrchu, a vytvořit funkční zkouška na proteiny (82). ˙Similar procedures may make it possible to analyze membrane proteins in a chip format. Podobné postupy mohou umožnit analyzovat membránové proteiny v čipu formátu.
2) Diagnostics 2) Diagnostika
Another area which will benefit from protein areas is diagnostics. Další oblastí, které budou mít prospěch z bílkovin oblastí je diagnostika. Highly parallel analysis on arrays will allow determination of disease markers (eg tumour markers) in extracts with only a minimum of biopsy (sample) material, creating new possibilities for monitoring disease (cancer) treatment and therapy (83). Vysoce paralelní analýzy na pole umožní stanovení markerů onemocnění (např. nádorové markery) v extrakty se pouze minimálně biopsie (ukázka) materiálu, vytváření nových možností pro sledování onemocnění (rakovina) léčbě a terapii (83).

.

Next: Protein Microarrays: Future Directions and Conclusions Další: Protein Microarrays: Budoucí směry a závěry

References for Protein and Antibody Microarrays Odkazy na bílkoviny a Antibody Microarrays

Back to: Návrat:

Introduction and Background to Protein Chips and Antibody Chips. Úvod a pozadí na Bílkoviny Chips a Antibody Chips.

Types of Antibody and Protein Chips Typy protilátek a bílkovin Chips