Bioinformatics, Protocols, DNA RNA Protein Proteomics Bioinformatika, protokoly, DNA, RNA bílkovin Proteomics

Biology Home Protocols Bioinformatic Tools Biology Forums Molecular Biology Encyclopaedia Molecular Biology Images Bookmark Us! Biologie Home protokoly bioinformačních nástrojů biologie Fórum molekulární biologie Encyclopaedia molekulární biologie Obrázky Přidat k oblíbeným!

home > protein-microarrays > index.php home> protein-microarrays> index.php

Molecular Biology Home Science News Science Videos DNA RNA Protein Proteomics Research BETA! Bioinformatics Lab Equipment Molecular Biology Techniques Molecular Biology Products and Services Related Biology Links Molekulární biologie Domů Věda Sport Věda Video DNA, RNA bílkovin Proteomics výzkum BETA! Bioinformatika Lab Vybavení molekulární biologie Techniky molekulární biologie Produkty a služby související Biologie Odkazy

Molecular Biology Blog Molekulární biologie Blog

Send this page to a friend Pošlete tuto stránku svému příteli

Intracellular Stations Intracelulární stanic

Antibody Botany Common Buffers Buffers Alphabetic Bookstore Cell Biology and Culture Gel Electrophoresis Histology Microarrays Immunology Mass Spectrometry Microbiology Molecular Imaging Peptide Proteomics Protein Microarray Chips PCR Real-Time PCR RNAi and SiRNA Stem Cell Biology Transfection Western Blot Protilátka botaniky společného Vymazat Vymazat Alphabetic Knihkupectví buněčné biologie a kulturu gel Elektroforeza histologie Microarrays imunologie Mass Spectrometry mikrobiologie Molekulární Imaging peptid Proteomics Bílkoviny Microarray Chips PCR, Real-Time PCR a siRNA RNAi Stonek Buňka Biologie transfekce Western Blot

Protein Array Protocols Protein Array protokoly	Protein Array Bioinformatics Protein Array Bioinformatika	Learn about Protein Arrays Získejte informace o Protein Arrays	Protein Array Kits and Products Protein Array sady a produkty	Protein Array Forum Protein Array fórum	Proteomic News Proteomická Novinky

Protein Microarray Chips Bílkoviny Microarray Chips

Protein and Antibody Microarrays Bílkoviny a Antibody Microarrays

Table of Contents Obsah

Introduction and Background to Protein and Antibody Microarrays Úvod a pozadí na bílkoviny a Antibody Microarrays

Types of Antibody and Protein Chips Typy protilátek a bílkovin Chips

Protein and Antibody Attachment Methods - Creation of a Microarray Chip Bílkoviny a Antibody Připojovací metody - Vytvoření Microarray Chip

Protein Chip Delivery Methods Protein Chip Dodací Metody

Protein Chip Capture Molecules and Their Limitations Protein Chip zachytávání molekul a jejich omezení

Antibody Microarrays: Problems and Solutions Protilátka Microarrays: problémy a řešení

Protein Microarray Detection Methods and Analysis Bílkoviny Microarray metod a analýza

Protein Production for Protein Arrays Bílkoviny Bílkoviny Výroba pro Arrays

Applications of Protein Arrays and Protein Chips Aplikace Protein Arrays a bílkovin Chips

Protein Microarrays: Future Directions and Conclusions Protein Microarrays: Budoucí směry a závěry

References for Protein and Antibody Microarrays Odkazy na bílkoviny a Antibody Microarrays

Introduction and Background to Protein and Antibody Microarrays. Úvod a pozadí na bílkoviny a Antibody Microarrays.

In spite of recent advancements in our understanding of molecular biology, in many cases we are unable to implicate specific proteins with a disease.˙ Genomics and microarray technology have allowed us to analyze thousands of mRNAs at one time and determine whether mRNA expression is changed in disease states.˙ However, researchers have long known that the concentration of an mRNA within a cell is poorly correlated with the actual abundance of that protein (1,2,3). I přes nedávný pokrok v našem porozumění molekulární biologie, v mnoha případech jsme schopni se týkají i specifické proteiny s chorobou. Genomika a Microarray technologie umožnily nám analyzovat tisíce mRNAs najednou a zjistit, zda mRNA exprese se změní v nemoci států. Nicméně, vědci již dlouho známo, že koncentrace na mRNA v buňce je málo souvisí s aktuální početnost tohoto proteinu (1,2,3). ˙This is due to the fact that the rate of degradation of individual mRNAs and proteins differ, post-transcriptional control of protein translation (4), a number of post-transcriptional modifications of protein (5), and protein degradation by proteolysis (6). To je způsobeno tím, že rychlost rozkladu jednotlivých mRNAs a proteinů se liší, post-transkripční tlumení bílkovin překladu (4), řada z post-transkripční úpravy bílkovin (5), a degradace proteinů, které proteolysis (6) .
By measuring the amount of the specific protein directly, we are measuring a true level of gene function.˙ However, when one takes into consideration the large number of post-translational modifications, human cells may contain a million or more different protein variants, any of which could be altered in disease making the task of analyzing all of them a huge task. Měřením množství specifické bílkoviny přímo, jsme měření skutečného úrovně genové funkce. Nicméně, když se vezme v úvahu velké množství post-translační modifikace, lidských buněk může obsahovat miliony nebo více různých variant bílkovin, jakékoliv které by mohly být pozměněny v nemoci, aby úkol analyzovat všechny z nich obrovský úkol. ˙Protein microarrays or protein chips may allow for a solution to this problem.˙ A slide or "chip" could be spotted with thousands of known antibodies or peptides like a DNA microarray, a biological sample spread over the chip, and any binding determined. Protein microarrays nebo bílkoviny čipy mohou povolit, aby pro řešení tohoto problému. Sklíčko nebo "čip" by mohl být spatřen s tisíci známých protilátky nebo peptidy jako DNA Microarray, biologický vzorek rozložena na čipu, a žádné závazné stanoveny. ˙Binding could also be analyzed using standard proteomic techniques such as time-of-flight mass spectrometry (MS) and peptide mass fingerprinting. Závazné by také mohla být analyzována pomocí standardních proteomic technik, jako jsou čas-of-flight hmotnostní spektrometrie (MS) a peptidů hmotnostní snímání otisků prstů. ˙Protein chips can thus become a fast and high-throughput method of profiling protein changes in disease. Bílkoviny čipy mohou se tak stát na rychlé a vysoce-průchodnost metodě profilování bílkovin změny v nemoci. (7)

Protein chips have the potential to function in many other applications including the study of protein–protein, protein–drug interactions, DNA-protein interactions, protein localization, antigen-antibody interactions, enzyme-substrate, and receptor-ligand interactions all of which may be amendable to array-type high-throughput screening (7,8). Bílkoviny čipy mají potenciál do funkce v mnoha jiných aplikacích včetně studia protein-protein, protein-lékových interakcí, DNA-proteinových interakcí, bílkovin lokalizace, interakce antigen-protilátka, enzym-substrát, a receptor-ligand interakce všechny, které mohou pozměnitelný být na pole-typ vysoce-průchodnost screeningu (7,8).

Two approaches have been used in order to characterize multiple proteins in a biological sample.˙ The first approach is 2-dimensional gel electrophoresis, which has been widely used to separate and visualize up to 2000-10,000 proteins in a single experiment by excision and identification by mass spectrometry (MS) (9).˙ This method is both time consuming and even with MS, only the most abundant proteins can be detected.˙ Also, reproducibility is problematic, even though pre-cast gels and commonly used reagents, protocols, and hardware components have led to improved performance (17).˙ Due to the limitations of 3D-gel separation technology, increasing attention is focusing on the development of the second approach, the development of protein microarrays as an alternative and complementary approach (10-12). Dva přístupy byly použity tak, aby charakterizoval více bílkovin v biologickém vzorku. První přístup je 2-dimenzionální gelová elektroforéza, které byly široce využívány k samostatné a vizualizovat až 2000-10000 bílkovin v jediném pokusu o odstranění a identifikační hmotnostní spektrometrie (MS) (9). Tato metoda je nejen časově náročné, a dokonce se MS jen vydatnými nejvíce bílkoviny mohou být odhaleny. Také reprodukovatelnost je problematické, i když pre-cast gely a běžně používaných činidel, protokoly a hardware komponenty vedly ke zlepšení výkonnosti (17). Vzhledem k omezení na 3D-gel separační technologie, rostoucí pozornost se zaměřuje na vývoj druhého přístupu, rozvoj bílkovin microarrays jako alternativní a komplementární přístup (10-12).
The theoretical background for protein microarray-based ligand binding assays was initially developed by Ekins et al. Teoretické zázemí pro bílkoviny Microarray-založené ligand závazné testy byla původně vyvinuta Ekins et al. in the late 1980s (13-16).˙ According to the model, antibody microarrays not only would permit simultaneous screening of an analyte panel, but would also be more sensitive and rapid than conventional screening methods.˙ Interest in screening large protein sets only arose as a result of the achievements in genomics by DNA microarrays and the Human Genome Project (17). v pozdních 1980s (13-16). Podle modelu, protilátky microarrays nejen umožní simultánní screening na analytu panel, ale také by být citlivější, než běžné a rychlé screeningové metody. Zájem o promítání velkých bílkovin stanovuje jen vznikly jako Výsledkem toho, co bylo dosaženo v genomika DNA microarrays a lidském genomu projekt (17).

The first array approaches attempted to miniaturize biochemical and immunobiological assays usually performed in 96-well microtiter plates (18-19).˙ 96-well antibody arrays were first created with 144 elements each for standard enzyme-linked immunosorbent assays (ELISAs) (20).˙ Similar arrays were used to measure prostate-specific antigen (PSA) and cytokines (21). První řadu přístupů k pokusům na miniaturizovat biochemické a imunobiologických testy se obvykle provádí v 96-i mikrotitrační destičky (18-19). 96-i protilátky pole byla poprvé vytvořena s 144 body za každý standardní enzym-spojené immunosorbent testy (testy ELISA) (20) . Podobná pole byly použity k měření prostata-specifického antigenu (PSA) a cytokinů (21).

Filter membranes were also initially used because of their superior protein binding capacity.˙ They were mostly probed with antibodies using ELISA techniques.˙ A low density array of 48 purified proteins involved in transcription was developed for the investigation of specific interactions of proteins with radiolabeled DNA, RNA, ligands, and other small chemicals (22).˙ A membrane-based high density array was developed for the purpose of screening a human fetal brain cDNA expression library consisting of 37830 clones.˙ Purified proteins were spotted onto PVDF membranes at a density of 300 samples/cm2 (23).˙ Other filter based arrays were constructed but the limitations were the low resolution and considerable background making it difficult to use them in applications with limiting sample quantities such as protein expression profiling of tumor biopsies. Filtr membrány byly původně použity, protože jejich nadřízený bílkovin závazné kapacity. Byli to většinou sondoval s protilátek pomocí ELISA technik. Nízká hustota pole o 48 čištěný bílkovin zapojených do přepis byl vyvinut pro vyšetřování konkrétních interakcí bílkovin s radiolabeled DNA, RNA , Ligandy, a další malé chemických látek (22). Membránový-založené vysoké hustotě pole byl vyvinut pro účely screeningu lidské fetální mozkové cDNA knihovny výraz složený z 37830 klony. Vyčištěná bílkoviny byly nanese na PVDF membrány v hustotě na 300 vzorků / cm2 (23). Ostatní filtr založený pole byly konstruovány, ale omezení byly nízké rozlišení a výrazné pozadí, což ztěžuje jejich použití v aplikacích s omezením množství vzorku, jako jsou bílkoviny projevu profilování nádorových biopsie.

Protein arrays are compromised of a library of proteins or antibodies immobilized in a 2D addressable grid on a chip (see Figure 1).˙ Protein microarray biochips extract and retain targets from liquid media and are distinct from microfluidic biochips, which separate and process proteins in a transport medium in situ using microfluidic devices (24,25).˙ A typical array may contain 103-104 spatially distinct elements within a total area of 1 cm2 (26). Bílkoviny pole jsou ohrožena na knihovnu, proteinů nebo protilátek znehybněné v 2D adresace distribuční soustavy na čipu (viz obr. 1). Protein Microarray biochips extraktu a udržení cíle z tekutých médiích a jsou odlišné od microfluidic biochips, které oddělují a zpracovávat bílkoviny v dopravním prostředku v místě použití microfluidic zařízení (24,25). Typickým pole mohou obsahovat 103-104 prostorově odlišné prvky v rámci celkové ploše 1 cm2 (26).

Next: Types of Antibody and Protein Chips Další: Typy protilátek a bílkovin Chips

References for Protein and Antibody Microarrays Odkazy na bílkoviny a Antibody Microarrays