Welcome to Molecular Station! Vítejte na molekulární Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Musíte se registrovat, než budete moci odeslat na naše fóra, nebo využít naše moderní prvky. Register Now! Zaregistrujte se nyní! Its Free and Fast! Jeho svobodný a Fast!

Already registered? Už jste se zaregistroval? Login now below. Přihlášení nyní níže.

User Name: Uživatelské jméno:

Password: Heslo:

Remember Me? Zapamatovat si?

Already registered and Forgot your password? Už jste se zaregistroval a Zapomněli jste heslo? Click below to recover it. Klikněte níže k zpětnému to.

Recover Lost Password Získat zpět ztracené heslo

Join now - it's fast and free! Připojte se nyní - je to rychlé a zdarma!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molekulární stanice je největší síť výzkumných pracovníků, vědců a vědy milovníky kdekoliv!

Recent Forum Posts Nový fóru

Proteomics Proteomika

Information on how the proteome or the set of proteins in a cell is studied. Informace o tom, jak proteomová nebo soubor proteinů v buňce je studoval.

Proteomoics Methods Proteomoics Metody

Protein content of a cell is estimated to consist of thousands of different types of proteins with a dynamic range of expression. Obsah bílkovin v buňce se odhaduje na skládají z tisíců různých druhů proteinů s dynamický rozsah projevu. The technology that is currently being used involves the retrieval of the protein components, fractionation of this very complex mixture, enzymatic proteolysis of each separated and isolated species, extensive mass spectrometric analysis and finally matching the structural data generated against a database of known proteins or anticipated genome expression products. Technologie, která je v současné době používají zahrnuje získávání bílkovin složky, frakcionaci tohoto velmi složité směsi, enzymatické proteolysis každého odděleny a izolovány druhy, rozsáhlé hmotnostní spektrometrie v analýze a nakonec odpovídající konstrukční údaje získané proti databázi známých bílkovin nebo předpokládaného genomu projevu výrobků.

This procedure involves an initial step using 1- or 2-dimensional electrophoresis (DE). Tento postup zahrnuje počáteční krok s 1 - nebo 2-dimenzionálním elektroforéza (DE). Using 1-DE, proteins are separated on the basis of molecular mass; the technique is reproducible and can be used for proteins in the mass range of 10–300 kDa, but does have limited resolution. Použití 1-DE, bílkoviny jsou odděleny na základě molekulové hmotnosti; technika je reprodukovatelná a může být použit na proteiny ve hmotě rozmezí 10-300 kDa, ale má omezené rozlišení. For separation of more complex protein mixtures, 2-DE is the preferred method. Pro oddělení více složité směsi bílkovin, 2-DE je preferovaná metoda. This involves separating the proteins first according to their net charge by an isoelectric focusing step and then, in the second dimension, according to their molecular mass employing sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) which gives a high separation eciency. To znamená odloučení bílkovin první podle jejich čisté poplatek prostřednictvím isoelectric zaměřením krokem a poté, v druhém rozměru, podle jejich molekulové hmotnosti zaměstnává sodný dodecyl sulfát-polyakrylamidovém gelu elektroforézou (SDS-PAGE), který poskytuje vysokou separační eciency.

Mass spectrometry (MS) is the method of choice for the identification of the separated proteins, and 2-DE and mass spectrometry now represent a technology by which several thousand proteins can be separated, detected and identified in an automated fashion. Hmotnostní spektrometrie (MS) je metoda výběru pro zjišťování separované proteiny, a 2-DE a hmotnostní spektrometrie nyní představují technologii, ve které několik tisíc proteinů může být odděleny, byly zjištěny a zjištěných v automatického módu.

Proteomics methodology is initially done by protein separation and location by 2-DE followed by excision of the proteins of interest which then undergo proteolytic digestion to yield a mixture of peptide fragments. Proteomics metodika je zpočátku provádí separace bílkovin a umístění o 2-DE následované vyříznutí na proteinů na zájem, který by pak podstoupí proteolytický trávení přinášel směs peptidové fragmenty. The peptides are analysed by mass spectrometry, initially using MALDI-MS for molecular mass determination and generation of a peptide mass fingerprint. Na peptidy jsou analyzovány hmotnostní spektrometrie, zpočátku pomocí MALDI-MS pro stanovení molekulové hmotnosti a generace pocházející z peptid hmotnost otisk prstu. If database searching at this stage yields ambiguous results, a second mass spectrometric analysis, ESI-MS/MS, is used to generate sequence information which is used for more stringent database searching. Pokud databázi vyhledávat v této fázi výnosy nejednoznačné výsledky, druhá hmotnostní spektrometrie v analýze, ESI-MS/MS, se používá k výrobě sekvence informace, které se používá pro přísnější databáze vyhledávání.

From the mass spectrum obtained on analysis of the protein digest mixture, the peptide mass map or peptide mass fingerprint ie the molecular masses of the peptide fragments, can be ascertained. Z hmotnostní spektrum získané na analýzu bílkovin strávit směs, peptid hmotnost mapě nebo peptid hmotnost otisků prstů, tj. molekulovou hmotností na peptidové fragmenty, může být známa. Often, if the amino acid sequence is sufficiently unique and the mass accuracy sufficiently high, the mass map can be used to search databases 12–15 to identify the protein successfully without the need for further analyses. Často-li sekvence aminokyselin je natolik unikátní a hmotnost dostatečně vysoká přesnost, hmotnost map mohou být použity k hledání databází 12-15 identifikovat bílkoviny úspěšně, aniž by bylo nutné pro další analýzy. If, however, database searching leads to ambiguous results, then further MS analyses, involving the use of tandem mass spectrometry (MS/MS), are undertaken sequentially on each peptide in the mixture to generate a sequence, or partial sequence, known as a sequence tag, for these peptides. Je-li však, databáze hledání vede k nejednoznačné výsledky, pak dále MS analýzy, která zahrnuje použití tandemové hmotnostní spektrometrie (MS / MS), jsou provedeny postupně na každý peptid ve směsi generovat sekvence nebo dílčí sekvence, známé jako sekvence štítkem, na tyto peptidy. This is frequently achieved by the use of ESI-MS/MS19 and usually an additional purification step must be performed to separate the peptides from the salts and detergents that may be present which cause attenuation of the peptide signal. To je často dosaženo použitím ESI-MS/MS19 a obvykle další čištění krok musí být proveden s cílem oddělit peptidy ze soli a mycí prostředky, které mohou být přítomny, které způsobují útlum signálu z peptid.

Further database searching with both the molecular mass of the peptide and the sequence tag information should lead to unambiguous protein identification. Další databázi hledají jak s molekulární hmotností na peptid a pořadové štítkem informace by měly vést k jednoznačné identifikaci bílkovin.

Related Proteomics Information: Proteomics Související informace:

Proteomics Proteomika

Proteomics Station Proteomics stanice

Copyright Molecular Station 2006 Copyright molekulární stanice 2006