Welcome to Molecular Station! Vítejte na molekulární Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Musíte se registrovat, než budete moci odeslat na naše fóra, nebo využít naše moderní prvky. Register Now! Zaregistrujte se nyní! Its Free and Fast! Jeho svobodný a Fast!

Already registered? Už jste se zaregistroval? Login now below. Přihlášení nyní níže.

User Name: Uživatelské jméno:

Password: Heslo:

Remember Me? Zapamatovat si?

Already registered and Forgot your password? Už jste se zaregistroval a Zapomněli jste heslo? Click below to recover it. Klikněte níže k zpětnému to.

Recover Lost Password Získat zpět ztracené heslo

Join now - it's fast and free! Připojte se nyní - je to rychlé a zdarma!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molekulární stanice je největší síť výzkumných pracovníků, vědců a vědy milovníky kdekoliv!

Recent Forum Posts Nový fóru

Gene Expression Analysis - Bioinformatics Analýza genové exprese - Bioinformatika

Gene expression can be determined by several methods including in broad terms protein expression, and mRNA expression. Exprese genu může být určena několika způsoby včetně toho v zásadních otázkách bílkovin projevu, a mRNA projevu.

mRNA Expression Analysis Exprese mRNA analýza

mRNA expression analysis or expression of mRNA levels can be assayed by multiple techniques at a large-scale level these include: exprese mRNA analýza exprese mRNA nebo hladiny mohou být stanoven obsah více technik na velké-měřítko úrovně mezi ně patří:

• cDNA microarray analysis cDNA Microarray analýza
• EST or expressed cDNA sequence tags EST nebo vyjádřené cDNA sekvence tagů
• SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) SAGE (Serial analýza genové exprese)
• Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS) Masivně paralelní Podpis Sekvenční řazení (MPSS)
• multiplexed in-situ hybridization multiplexní in-situ hybridizace

At a smaller scale or to confirm results of a larger-scale one can use the following mRNA expression techniques: V menším rozsahu nebo potvrdit výsledky z většího rozsahu-lze použít následující mRNA expression technik:

• RT-PCR
• Real-Time PCR Real-Time PCR
• Ribonuclease protection assay (RPA) Ribonukleázy ochranu testu (RPA)

However, bioinformatic analysis can be used. Nicméně, bioinformačních analýzy mohou být použity. Bioinformatic analysis allows the bypassing of biological measurement bias and noise of the specific techniques and uses statistical tools to separate significant change in gene expression from noise in large-scale or high-throughput gene expression studies. Bioinformačních analýza umožňuje obejít biologických měření zkreslení a šumu na specifické použití statistických technik a nástrojů k samostatné významné změny v genové exprese z hluku ve velkém měřítku, nebo-vysoce-průchodnost genové exprese studií.

Such studies can be employed to determine the genes implicated in a disorder: one might compare microarray data from cancerous epithelial cells to data from non-cancerous cells to determine the transcripts that are up-regulated and down-regulated in a particular population of cancer cells. Tyto studie mohou být zaměstnáni určit geny podílející poruchy: jeden by mohl porovnat Microarray data z trpící rakovinou epitelových buněk na základě údajů o trpící rakovinou non-buněk určit přepisy, které jsou regulované a nahoru-dolů-upravena v určité populace rakovinných buněk .

Affymetrix GeneChip Technology Analysis Affymetrix GeneChip Technology Analýza

Affymetrix GeneChip Technology is used frequently to analyse mRNA expression patterns using a microarray approach. Affymetrix GeneChip Technology se používá často pro analýzu exprese mRNA vzorců pomocí Microarray přístup.

Raw data generated from GeneChip probe arrays can be analyzed using the Affymetrix (MAS)4.0 and MAS5.0 (Microarray Analysis Suite) software. Surový údaje získané od GeneChip sondy pole může být analyzována pomocí Affymetrix (MAS) 4,0 a MAS5.0 (Microarray analýza Suite) software.

Microarray Analysis Suite software is able to calculate a variety many measurements using the hybridization intensities measured by the scanner from the probe arrays. Microarray analýza Suite software je schopen vypočítat celou řadu mnoha měření pomocí hybridizace intenzity měří pomocí skeneru ze sondy pole.

Some Affymetrix analysis algorithms Některé Affymetrix analýza algoritmů

Raw Data Analysis Suroviny a analýza dat

The intensity from the entire probe array is used for Background and Noise calculations in raw data analysis. Intenzita z celé sondy pole se používá pro pozadí a hluku výpočty se surovým analýza dat.

Other metrics compare the intensities of the sequence-specific Perfect Match (PM) probe cells with their control Mismatch (MM) probe cells for each probe set to determine if a transcript is Present (P), Marginal (M), or Absent (A). Ostatní metriky porovnat intenzity ze sekvence-specifické Perfektní zápas (PM) sonda buňky s jejich kontrolou nesouladu (MM) sonda buněk pro každého sondy nastaven na určení v případě, že přepis je přítomen (P), okraj (M), nebo chybí (A ). Next, the numbers of Positive and Negative probe pairs are determined for every probe set. Další čísla na pozitivní a negativní sondy páry jsou určeny pro každé sondy stanoveny. The numbers of Positive and Negative probe sets are then used to derive metrics that describe the performance of each probe set, the Positive Fraction and the Pos/Neg Ratio. Počty Pozitivní a negativní sondy soupravy jsou pak použity pro odvození metriky, které popisují výkon na každé sondy nastaven, Pozitivní Zlomek a Pos / Neg poměr. Raw data analysis also results in Absence and Presence Calls, Average difference, and Expression Levels. Suroviny a analýzy dat i výsledky v Nepřítomnost Přítomnost a žádá, aby průměrný rozdíl, a Expression Levels.

Comparison Analysis Srovnání Analýza

Comparison analysis gives Normalization and Scaling, Fold Change Calculation and Correlation Coefficients. Srovnání analýzy dává Normalizace a škálování, Sklopné Změnit Výpočet a Korelační koeficienty.

Functional Relationships Funkčních vztahů

Functional Relationships can be assayed by using several methods including: Funkčních vztahů mohou být stanoven obsah pomocí několika metod, včetně:

• Listing genes by changes in their expression including fold-Increase or Decrease Výpis geny, které změny ve svém projevu i-násobné zvýšení nebo snížení
• Phylogenetic Trees Fylogenetické stromy
• Self-Organizing Maps Self-organizačního Mapy
• Relevance Networks Význam sítě

Protein Expression Analysis Protein Expression Analýza

See protein expression analysis for more information on this topic. Viz bílkoviny projevu analýzy pro více informací o tomto tématu.

Gene Expression Bioinformatics Forum Bioinformatika genové exprese fórum

Discuss and post questions about gene expression in the Bioinformatics Forum . Projednat a po otázky týkající se genové exprese v Bioinformatika fóra.