Welcome to Molecular Station! Vítejte na molekulární Station!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Musíte se registrovat, než budete moci odeslat na naše fóra, nebo využít naše moderní prvky. Register Now! Zaregistrujte se nyní! Its Free and Fast! Jeho svobodný a Fast!

Already registered? Už jste se zaregistroval? Login now below. Přihlášení nyní níže.

User Name: Uživatelské jméno:

Password: Heslo:

Remember Me? Zapamatovat si?

Already registered and Forgot your password? Už jste se zaregistroval a Zapomněli jste heslo? Click below to recover it. Klikněte níže k zpětnému to.

Recover Lost Password Získat zpět ztracené heslo

Join now - it's fast and free! Připojte se nyní - je to rychlé a zdarma!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Molekulární stanice je největší síť výzkumných pracovníků, vědců a vědy milovníky kdekoliv!

Recent Forum Posts Nový fóru

Comparative Genomics - Bioinformatics Srovnávací genomika - Bioinformatika

Comparative Genomics Introduction Srovnávací genomika Úvod

Comparative genomics is the study of relationships between the genomes of different species or strains. Srovnávací genomika je studium na vztahy mezi genomy různých druhů nebo kmenů. Comparative genomics is an attempt to take advantage of the information provided by the signatures of selection to understand the function and evolutionary processes that act on genomes. Srovnávací genomika je pokusit se využít informace poskytnuté podpisy na výběr pro pochopení funkce a evoluční procesy, které působí na genomů. While it is still a young field, it holds great promise to yield insights into many aspects of the evolution of modern species. I když je stále ještě mladý oblasti, to je velmi slibná, aby výnos pohledy na mnoha aspektech vývoje moderních druhů. The sheer amount of information contained in modern genomes (several gigabytes in the case of humans) necessitates that the methods of comparative genomics are mostly computational in nature. Celkový objem informací obsažených v moderních genomů (několik gigabajtů v případě lidí) vyžaduje, aby metody srovnávací genomika jsou především výpočetní v přírodě. Gene finding is an important application of comparative genomics, as is discovery of new, non-coding functional elements of the genome. Gene zjištění je důležité použití srovnávací genomika, jako je objevování nových, non-kódování funkční prvky genomu.

Comparative genomics exploits both similarities and differences in the proteins, RNA, and regulatory regions of different organisms to infer how selection has acted upon these elements. Srovnávací genomika využívá jak podobnosti a rozdíly v proteinů, RNA, regulační a regionů z různých organismů, které se domnívám, jak výběr má do jisté míry tyto prvky. Those elements that are responsible for similarities between different species should be conserved through time (stabilizing selection), while those elements responsible for differences among species should be divergent (positive selection). Tyto prvky, které jsou odpovědné za podobností mezi různými druhy by měly být udržovány prostřednictvím času (stabilizující výběr), zatímco ty prvky, odpovědnými za rozdíly mezi druhy by měly být rozdílná (pozitivní výběr). Finally, those elements that are unimportant to the evolutionary success of the organism will be unconserved (selection is neutral). Konečně, ty prvky, které jsou nedůležité pro evoluční úspěch organismu bude unconserved (výběr je neutrální).

Identifying the mechanisms of eukaryotic genome evolution by comparative genomics is one of the important goals of the field. Identifikace mechanismů eukaryontní genom vývoj podle srovnávací genomika je jedním z důležitých cílů v této oblasti. It is however often complicated by the multiplicity of events that have taken place throughout the history of individual lineages, leaving only distorted and superimposed traces in the genome of each living organism. Je však často komplikuje velký počet akcí, které proběhly v celé historii jednotlivých linií, přičemž pouze zkreslené a překrývají stopy v genomu každého živého organismu. For this reason comparative genomics studies of small model organisms (for example yeast) are of great importance to advance our understanding of general mechanisms of evolution. Z tohoto důvodu srovnávací genomika studií malých modelových organismů (např. droždí) jsou velmi důležité, aby se pokročilo naše chápání obecných mechanismů evoluce.

Having come a long way from its initial use of finding functional proteins, comparative genomics is now concentrating on finding regulatory regions and siRNA molecules. Mají za sebou dlouhou cestu ze své původní využití najít funkční proteiny, srovnávací genomika je nyní soustředit se na hledání regulačních oblastí a siRNA molekul. Recently, it has been discovered that distantly related species often share long conserved stretches of DNA that do not appear to code for any protein. Nedávno bylo objeveno, že vzdáleně příbuzných druhů často sdílejí dlouhé zachovaných úseků DNA, která se nejeví jako kód pro všechny bílkoviny. It is unknown at this time what function such ultra-conserved regions serve. Není známo, v tuto chvíli, co taková funkce ultra-konzervovaným regionům sloužit.

Computational approaches to genome comparison have recently become a common research topic in computer science. Výpočetní přístupy k srovnání genomu se v poslední době stává společným tématem výzkumu v oblasti počítačové vědy. The development of computer-assisted mathematics (using products such as Mathematica or Matlab) has helped engineers, mathematicians and computer scientists to start operating in this domain, and a public collection of case studies and demonstrations is growing, ranging from whole genome comparisons to gene expression analysis. Rozvoj počítačových-nápomocen matematiky (tzv. produkty jako Mathematica a Matlab) pomohl inženýry, matematiky a počítačové vědy na začátku působící v této oblasti, a veřejnou sbírku případových studií a demonstrace roste a pohybuje se v rozmezí od celého genomu porovnání genů Analýza projevu. This has increased the introduction of different ideas, including concepts from systems and control, information theory, strings analysis and data mining. To zvýšilo zavedení různých myšlenek, včetně pojmů z systémy a kontroly, teorie informace, smyčce a analýzy dat. It is anticipated that computational approaches will become and remain a standard topic for research and teaching, while students fluent in both topics start being formed in the multiple courses created in the past few years. Předpokládá se, že výpočetní přístupy se stanou a zůstanou standardní téma pro výzkum a výuku, zatímco studenti plynule v obou tématech start připravují ve více kurzů vytvořených v minulých letech.

Evolutionary Conserved Region Bioinformatics Evoluční zachovaných Kraj Bioinformatika

Evolutionary Conserved Regions also called ECRs for short are regions of sequence (usually DNA) that have been mapped to align with other genomes and are conserved. Evoluční konzervovaným regionům také nazývá ECRS pro krátké, jsou regiony na sekvence (obvykle DNA), které byly mapovány ve sbližování s jinými genomy a jsou udržovány.

ECRs within alignments of the genomes are presented in this graphical browser, which depicts and color-codes ECRs in relation to known genes that have been annotated in the base genome. ECRS v zaměření na genomy jsou prezentovány v této grafický prohlížeč, který zobrazuje a barev-kódy ECRS ve vztahu ke známým geny, které byly anotovány v základním genomu. 'Grab ECR' feature allows users to rapidly extract sequences that correspond to any ECR, to visualize underlying sequence alignments and/or identify conserved transcription factor binding sites. 'Chyť Sb' funkce umožňuje uživatelům rychle výpis sekvencí, které odpovídají na všechny Recueil, vizualizovat základní sekvence zarovnání a / nebo identifikaci zachovaných transkripční faktor závazných lokalit.

ECR Browser is a new dynamic whole-genome navigation tool for the visualization and study of evolutionary relationships between vertebrates and non-vertebrate genomes. S. Browser je novou dynamiku celého genomu-navigační nástroj pro vizualizaci a studium evolučních vztahů mezi obratlovci a non-genomy obratlovců. ECR Browser is constantly being updated to include the most recently available sequenced genomes (currently: human, dog, mouse, rat, chicken, frog two pufferfish (Fugu and Tetraodon), zebrafish, and 6 fruitflies). S. Browser je neustále aktualizován, aby zahrnoval nejvíce v poslední době k dispozici řazeny genomů (v současné době: lidské, pes, myš, krysa, kuřecí maso, žába dva ryba fugu (Fugu a Tetraodon), zebrafish, a 6 fruitflies). Ovcharenko, MA Nobrega, GG Loots, and L. Stubbs ECR Browser: a tool for visualizing and accessing data from comparisons of multiple vertebrate genomes Nucleic Acids Research, 32, W280-W286 (2004) Ovcharenko, MA Nobrega, GG Loots, a L. Stubbse Sb Browser: nástroj pro vizualizaci a získávání dat z porovnávání více genomy obratlovců nukleovými kyselinami Výzkum, 32, W280-W286 (2004)

ECRbase is the Database of Evolutionary Conserved Regions (ECRs), Promoters, and Transcription Factor Binding Sites in Vertebrate Genomes created using ECR Browser alignments ECRbase je databáze na evoluční konzervovaným regionům (ECRS), stimulátory, a transkripční faktor vazebných míst v Obratlovci Genomes vytvořena pomocí Sb Browser zarovnání

Bioinformatics Forum Bioinformatika fórum

Discuss and post questions about protein expression in the Bioinformatics Forum . Projednat a po otázky ohledně bílkovin projevu v Bioinformatika fóra.