Welcome to Molecular Station! Добре дошли в молекулярна станция!

You have to register before you can post on our forums or use our advanced features. Трябва да се регистрирате преди да можете да публикувате на нашите форуми, или да използвате допълнителни функции. Register Now! Регистрирайте се! Its Free and Fast! Тяхното свободно и бързо!

Already registered? Вече сте регистрирани? Login now below. Вход за сега по-долу.

User Name: Име:

Password: Парола:

Remember Me? Запомни ме?

Already registered and Forgot your password? Вече сте регистрирани и Забравили сте паролата си? Click below to recover it. Кликнете по-долу, за да го възстанови.

Recover Lost Password Забравена Забравена парола

Join now - it's fast and free! Присъединете се към момента - това е бързо и безплатно!

Molecular Station is THE largest network of researchers, scientists and science lovers anywhere! Молекулярна станция е най-голямата мрежа от изследователи, учени и любители на науката навсякъде!

Recent Forum Posts Нова Форум постове

RNA Protocols РНК протоколи

RNA Encyclopedia РНК енциклопедия

RNA Bioinformatics РНК Биоинформатика

RNA Forum РНК форум

RNA Blog РНК Blog

RNA News РНК Новини

RNA Gels РНК Гелове

Copyright 2007 - Molecular Station Copyright 2007 - молекулярна станция

History of RNA Gel Electrophoresis История на РНК гел-електрофореза

RNA Gels have been used for decades to separate out and qualitatively assess the quality of RNA isolated from samples. РНК Гелове са били използвани за десетилетия напред, както и отделни качествено оценка на качеството на РНК, изолирани от пробите. If you are not sure what RNA is checkout: Ако не сте сигурни какво РНК е изхода:

AUDIO AUDIO Listen to a detailed RNA Explanation ! Чуйте подробно РНК Обяснението! and see our RNA encyclopedia article. и вижте нашите РНК енциклопедия статия.

RNA Gel Electrophoresis - Background Information РНК гел-електрофореза - Основна информация

After isolation of RNA samples, the quality of the isolated RNA preparation is usually assessed by electrophoresis on a denaturing agarose gel. След изолиране на РНК проби, качеството на изолирана РНК подготовка обикновено се оценява чрез електролиза на денатуриране agarose гел. Although the results are mainly qualitative, you can get some information about the yield of the RNA as well. Въпреки че резултатите са предимно качествен, можете да получите информация за добива на РНК, както и.

Denaturing gels are used because RNA tends to fold upon itself and form extensive and stable secondary structure via intramolecular base pairing. Денатурирането гелове се използват, тъй като РНК-скоро пъти върху самата форма и широки и стабилни вторична структура, чрез intramolecular базовата система. This secondary structure of RNA prevents it from migrating mainly according to its size. Тази вторична структура на РНК и не позволява то да мигриращите главно според неговия размер.

Make sure that you include an RNA positive control on the gel, in the case that you get unusual results you can then determine whether the problem was with the gel or was a problem with the RNA you are analyzing. Убедете се, че можете да включва РНК положителна контрола върху гел, в случай че получавате необичайни резултати ще можете да определите дали проблемът е с гел или е проблем с РНК, които са анализиране. You can also use RNA molecular weight markers, an RNA sample known to be intact, or both, can be used for this purpose. Можете също така да използвате РНК молекулно тегло маркери, РНК една проба е известно, че са непокътнати, или и двете, могат да бъдат използвани за тази цел.

RNA gels are visualized with ethidium bromide staining as ethidium bromide intercalates between the secondary structure of the RNA molecules and allows RNA to be seen under UV light. РНК гелове се визуализира с ethidium бромид петна, както ethidium бромид intercalates между средното структура на РНК молекули РНК и позволява да се види под UV светлина.

RNA is separated out by gel electrophoresis (usually agarose gel electrophoresis). РНК е отделена от гел-електрофореза (обикновено agarose гел-електрофореза). After running an RNA gel you can conduct a northern blot with subsequent transfer to membrane, hybridization with probe, and finally detection. След като изпълняват една РНК гел може да извърши северната blot с последващо прехвърляне на мембрана, хибридизация със сонда, и накрая откриване. Or simply (and much quicker), stain for RNA using ethidium bromide or SYBR (or similar dye - better as it is non-toxic and safer). Или просто (и много по-бързо), багрилно за използване на РНК ethidium бромид или SYBR (или подобни боядисване - по-добре, тъй като е нетоксичен и безопасен).

Applications of RNA Gels Заявленията на РНК гелове

As northern blots are much more tedious to complete than RNA gels and real-time PCR, they are not used as much as RNA gels. По северните blots са много по-tedious да завършат, отколкото РНК гелове и PCR в реално време, те не са използвани толкова, колкото и РНК гелове.

The RNA gel electrophoresis and its variations are used in molecular biology research to: В РНК гел-електрофореза и нейните варианти се използват в молекулярната биология изследвания за:

• detect RNA откриване на РНК
• assay for quality of RNA isolated тест за качеството на РНК изолирани
• allow for general determination of RNA quantity or yield даде възможност за определяне на общото количество РНК или добив
• assay for RNA degradation тест за деградацията на РНК

Disadvantages of RNA Gels Недостатъците на РНК гелове

The disadvantages of using RNA gel electrophoresis includes: Недостатъците на използването на РНК гел-електрофореза включва:

• RNA gels are not very quantitative. РНК гелове, не са количествено много. You cannot determine precisely the RNA yield or amount even with standards. Вие не можете да определите точно РНК добив или сума, дори и стандарти. Radioactive methods such as northern blotting or dot blots are much more accurate. Радиоактивните методи, като например Северна blotting или точкова blots са много по-точен.
• Often ethidium bromide is used to detect the RNA. Често ethidium бромид се използва за откриване на РНК. Ethidium bromide is a biohazard as it is mutagenic and toxic. Ethidium бромид е biohazard тъй като тя е мутагенни и токсични.
• RNA gels allow for a quick determination of RNA yield however are not as fast as UV spectrophotometry or other methods. РНК гелове даде възможност за бързо определяне на РНК добив обаче не са по-бързо от UV спектрофотометрия или други методи.

Advantages of RNA Gels Предимства на РНК гелове

The advantages of RNA Gels include: Предимствата на РНК Гелове включват:

• It is a widely accepted method Тя е широко приета метод
• RNA gels are very quick and easy to perform РНК гелове, са много бърз и лесен за изпълнение
• You can assay for RNA quality within 1-2 hours Можете да РНК тест за качество в рамките на 1-2 часа
• If you use SYBR or another non-toxic stain (ie you do not use Ethidium Bromide), RNA Gels are quite safe. Ако използвате SYBR или друга нетоксичен багрилно (т.е. не използвате Ethidium бромид), РНК Гелове са съвсем безопасни.

RNA Gel Protocol РНК гел Протокол

To verify the integrity of your RNA you should do a " Northern blot " analysis. За да проверите целостта на своята РНК трябва да се прави "Северна blot" анализ. In order to accomplish this you must run a denaturing gel. За да се направи това трябва да изпълните денатуриране гел.

For Mini-gels to Midi-gels of RNA use: Make 50 mL-100mL За мини-гелове за Миди-гелове на РНК употреба: Направете 50 мл-100 мл

For Mega-gels Make 400 mL. За мега-гелове Направи 400 мл.

For 100mL Gel (most commonly run) you need to add 1g of agarose to make 1% agarose solution. За 100 мл Gel (най-често пускат), вие трябва да добавите 1 грам на agarose да направи 1% agarose решение.

Running Buffer Recipe for RNA Gels Работещи буфер рецептата за РНК гелове

RNA Denaturing Reagents РНК денатуриране реактиви

To prepare 400ul of RNA denaturing reagent: За да подготви 400ul на РНК денатуриране реагент:

Add the following: Добавете следното:

• 80% Foramide-deionized 300ul 80% Foramide-deionized 300ul
• 3.7 % formaldehyde 40 ul 3,7% формалдехид 40 ул
• 1X 50X E buffer 8 ul 1 x 50X E буфер ул 8
• dH2O = 400ul 52ul dH2O = 400ul 52ul

50 XE buffer per liter 50 XE буфер за литър

Add: Добави:

• 0.9 M Na2 HPO4 Dibasic 127.8 g 0,9 млн. Na2 HPO4 двуосновен 127,8 грама
• 0.1M NaH2PO4 Monobasic 13.8 g 0.1M NaH2PO4 Monobasic 13,8 гр

Protocol: Steps in Preparing an RNA Gel Протокол: стъпки в Изготвяне на РНК Gel

1. put agarose in solutions. agarose, поставени в решенията.
2. Heat prepared solution in tissue-plugged flask Жега подготвени разтвор в тъканни захранващата мрежа Игла
3. Let cool to 60°C Нека охлади до 60 ° C
4. Add Formaldehyde to equal 0.66M 2.7 ml 4.0 5.3 21.2 Добави Формалдехид за равен 0.66M 2,7 мл 4,0 5,3 21,2
5. (Add Ethidium Bromide if you are using it to flask) (Добави Ethidium бромид, ако сте го използва за Игла)
6. Pour gel (in hood if possible). Наливаме толкова гел (в качулка, ако е възможно).
7. Heat 2 ug of RNA at 75°C for 10 min., then quick cool. Топло 2 ug на РНК при 75 ° С в продължение на 10 мин., А след това бързо охлади. (this will allow RNA to denature and stay single-stranded). (Това ще позволи на РНК за денатуриране и гост-единствена усукана).
8. Add: 2.5 vol of RNA denaturing reagent Добави: 2,5 об на РНК денатуриране реактив
9. Add 1/10 vol. Добавете 1 / 10 об. of loading dye to samples. боядисване на натоварване на проби.
10. Load samples onto agarose gel wells. Зареждане на проби в agarose гел кладенци.
11. Run Gel (usually 100V volts) for 30minutes-2 hours. Пусни Gel (обикновено 100V волта) за 30 минути-2 часа. (Check RNA running using dye markers) (Ако РНК се изпълняват чрез боядисване маркери)

Tips for RNA Gels Съвети за РНК гелове

Always run an agarose gel of your RNA to assess the quality. Винаги пуснете agarose гел на своите РНК за оценка на качеството. Do not only rely only UV spectrophotometry results. Не само разчитат само UV спектрофотометрия резултати.

* Use DEPC treated water and baked glassware for all the steps. * Ползвайте DEPC третират водата и печени изделия за всички стъпки. The buffers must be Rnase free or use Milipore purified water if you are in a rush. В буферите трябва да се Rnase безплатно или използването Milipore пречистена вода, ако сте в големия. Rnase is everywhere! Rnase са навсякъде! Wear gloves, use only baked glassware, or virgin plastic. Носят ръкавици, използвайте само печени изделия, необработени или пластмасови. DePC treat your water, buffers (except Tris). DePC лечение на вашата вода, буферите (с изключение на три). Be very careful. Бъдете много внимателни.

Troubleshooting RNA Gels Проблеми? РНК гелове

If you currently have a preferred method for running RNA, continue to use it. Ако в момента имат предпочитаният метод за управление на РНК, продължават да я използват.

Discuss and post problems or questions about RNA Gels in the RNA Protocols Forum . Обсъдят и след проблеми или въпроси относно РНК Гелове в РНК протоколи форум.

RNA Gel References РНК гел референции