home > protein > bioinformatics > protein-motifs > index.php начало> протеин> биоинформатиката> протеин-мотиви> index.php
 |
|---|
Also See Our Link Database of Protein Motif Bioinformatic Tools Също така вижте нашата база данни, връзката на протеини мотив Bioinformatic Инструменти
Protein motifs and domains are important as they provide clues as to posible functions of the protein, and possible interactions of the protein. Протеин мотиви и домейни са важни, тъй като те предоставят улики за posible функциите на протеин, както и възможните взаимодействия на протеин. If the protein for example has a domain for DNA binding, you would predict that that protein may act by binding to DNA sequences. Ако протеини например е домейн за ДНК задължителен, можете да прогнозираме, че този протеин може да действа като задължителен за ДНК последователности.
A note on protein motif and protein domain database searches: Most proteins are modular with several domains. If your protein or unknown proteni is most similar to a protein kinase, this does not necessarily mean that it is a kinase - it is possible the two proteins share several other domains (ie. several SH3 domains). А имайте мотив на протеин и протеин на домейн за търсене: Най-протеини, са модулни с няколко домейни. Ако вашият белтък или неизвестен proteni е най-сходен с този на протеин киназа, това не означава непременно, че тя е киназа - че е възможно двата протеини дял на няколко други области (ie. няколко SH3 домейни).
See Our Link Database of Protein Motif Bioinformatic Tools Вижте нашата база данни, връзката на протеини мотив Bioinformatic инструменти
CDD The Conserved Domain Database. CDD на база данни, съхранявани на домейн. Proteins often contain several modules or domains, each with a distinct evolutionary origin and function. Протеини често съдържат няколко модула или домейни, всяка с отделен еволюционен произход и функция. NCBI's Conserved Domain Database is a collection of multiple sequence alignments for ancient domains and full-length proteins. NCBI на опазването на Домейн база данни е колекция от много последователност подравнявания за древни домейни и пълен-дължина протеини. The CD-Search service may be used to identify the conserved domains present in a protein query sequence. CD-услуга за търсене могат да се използват за идентифициране на опазването на домейни в момента протеин търсене последователност.
CDD Keyword Search Search the Conserved Domain Database by Keyword at Entrez Pubmed. CDD търсене на ключови думи за търсене в базата данни се съхраняват на домейн по ключови думи в Entrez Pubmed.
CDART: Conserved Domain Architecture Retrieval Tool CDART: опазването на домейн архитектура инструмент за извличане
InterPro InterPro is a database of protein families, domains and functional sites in which identifiable features found in known proteins can be applied to unknown protein sequences. InterPro InterPro е база данни на протеини семейства, домейни и функционални сайтове, в които се идентифицира функции намерени в известна протеини могат да бъдат прилагани към непознатото протеинови последователности.
PROSite PROSITE is a database of protein families and domains. PROSite PROSITE е база данни на протеини, семейства и домейни. It consists of biologically significant sites, patterns and profiles that help to reliably identify to which known protein family (if any) a new sequence belongs. Той се състои от биологично важни обекти, схеми и профили, които помагат да се определи надеждно, за които е известно протеин, семейството (ако има такива) на нова поредица принадлежи.
Pfam Pfam is a large collection of multiple sequence alignments and hidden Markov models covering many common protein domains. Pfam Pfam е голяма колекция от множество последователност подравнявания и скрити Марков модели, покриващи много общ белтък домейни. Pfam version 7.7b (October 2002) contains alignments and models for 4832 protein families, based on the Swissprot 40 and SP-TrEMBL Pfam версия 7.7b (октомври 2002) съдържа подравнявания и модели за 4832 протеин семейства, въз основа на Swissprot 40 и SP-TrEMBL
ProDom Protein Domain Database ProDom протеин домейн данни
PairsDB The Automatic Domain Decomposition Algorithm (ADDA) is used to generate a database of protein domain families with complete coverage of all protein sequences. PairsDB автоматична Домейн Разбиване Алгоритъм (Елмаз) се използват за създаване на база данни на протеини домейн семейства с пълно покритие на всички протеинови последователности. Sequences are split into domains and domains are grouped into protein domain families in a completely automated process. Последователности са разделени на домейни и домейни са групирани в протеин домейн семейства в напълно автоматизиран процес. The current database contains domains for more than 1.5 million sequences in more than 40 000 domain families. Текущата база данни съдържа домейни за повече от 1,5 милиона последователности в повече от 40 000 домейна семейства. In particular, there are 3828 novel domain families that do not overlap with the curated domain databases Pfam, SCOP and InterPro. По-конкретно, има 3828 нови домейни семейства, които не се припокриват с куратор на домейн бази данни, Pfam, SCOP и InterPro. Data isfreely available for downloading and querying via a web interface. Данни isfreely достъпна за изтегляне и querying чрез уеб интерфейс. See also: Вижте също:
PairsDB Domain Families Search PairsDB домейн семейства, търсене
PairsDB Domain Families Browse PairsDB семейства Преглед на домейн
PRINTS PRINTS is a compendium of protein fingerprints. Щампи печат е сборник с протеин, пръстови отпечатъци. A fingerprint is a group of conserved motifs used to characterise a protein family; its diagnostic power is refined by iterative scanning of a SWISS-PROT/TrEMBL composite. А пръстови отпечатъци е група от опазването на мотиви, използвани за характеризирането протеин семейството; му мощност е рафинирано диагностика с iterative сканиране на SWISS-PROT/TrEMBL съставни. Usually the motifs do not overlap, but are separated along a sequence, though they may be contiguous in 3D-space. Обикновено мотиви не се припокриват, но са разделени по една последователност, макар че те могат да бъдат непрекъсната в 3D пространство. Fingerprints can encode protein folds and functionalities more flexibly and powerfully than can single motifs, full diagnostic potency deriving from the mutual context provided by motif neighbours. Fingerprints да encode протеин фалти функционалности и по-гъвкаво и powerfully, отколкото може едно мотиви, пълна диагностика ефикасност, произтичащи от взаимен контекст е предоставена от мотив съседи.
HITS Motif Scan Hits is a free database devoted to protein domains. HITS мотив сканиране хитове е безплатна база данни, посветена на протеин домейни. It is also a collection of tools for the investigation of the relationships between protein sequences and motifs described on them. Също така е колекция от инструменти за разследване на връзките между протеинови последователности и мотиви, описани в тях. These motifs are defined by an heterogeneous collection of predictors, which currently includes regular expressions, generalized profiles and hidden Markov models Тези мотиви са определени от една хетерогенна събиране на пророци, която понастоящем включва редовни прояви, обобщени профили и скрити Марков модели
SMART Simple Modular Architecture Research Tool. Goal: to allow automatic identification and annotation of domains in user-supplied protein sequences. SMART Прости модулна архитектура изследователски инструмент. Цел: да се даде възможност автоматична идентификация и анотация на домейни в предоставени за ползване на протеин последователности.
PROClass The ProClass database is a non-redundant protein database organized according to family relationships as defined collectively by ProSite patterns and PIR superfamilies. PROClass на ProClass база данни, не е излишно протеин, организирана база данни, според семейните връзки, както са определени съвместно с ProSite модели и superfamilies PIR. The ProClass database can facilitate protein family information retrieval, unveil domain and family relationships, and classify multi-domained proteins, by combining global and motif similarities into a single family organization scheme. В ProClass база данни може да улесни протеин семейни информация, извличане, разбулвам домейн и семейни връзки, както и класираните мулти-domained протеини, чрез комбиниране на глобалните и мотив сходства в едно семейство организация схема.
ExPASY SWISS PROT Searchable index Molecular Biology Server of the University of Geneva: contains searchable index of SWISS-PROT. ExPASY ШВЕЙЦАРИЯ Прот търсене индекс молекулярна биология на сървъра на университета в Женева: търсят съдържа индекс на швейцарското-Прот.
ExPASY PROSITE PROSITE is a database of protein families and domains. ExPASY PROSITE PROSITE е база данни на протеини, семейства и домейни. It consists of biologically significant sites, patterns and profiles that help to reliably identify to which known protein family (if any) a new sequence belongs. Той се състои от биологично важни обекти, схеми и профили, които помагат да се определи надеждно, за които е известно протеин, семейството (ако има такива) на нова поредица принадлежи.
SYSTERS Protein Family Database by Motifs SYSTERS протеин семейство база данни с мотиви
TIGRFAM Database are protein families based on Hidden Markov Models or HMMs. TIGRFAM база данни, са на базата на протеин, семейства Скрити Марков модели или HMMs.
eMotif Search The eMOTIFS are derived from the multiple sequence alignments in the BLOCKS+ database. eMotif Търсене на eMOTIFS са получени от много последователност подравнявания в блокове + база данни.
MOTIF : Can search multiple databases including: PROSITE Pattern, PROSITE Profile, BLOCKS, ProDom, PRINTS, Pfam, Pfam_fs for fragments, and a user-defined profile library. Мотив: да търсите множество бази данни, включително: PROSITE Модела, PROSITE профил, блокове, ProDom, щампи, Pfam, Pfam_fs за фрагменти, както и за потребителя дефинирани профила на библиотеката.
HMM Search - Motif Search of a Protein Sequence using the Pfam-A Database of Protein Domains - Sanger Centre (UK). Хм Търсене - мотив за търсене на протеин Последователност използвайки Pfam-база данни с домейни протеин - Sanger център (Великобритания).
HMM Search - Motif Search of a Protein Sequence using the Pfam-A Database of Protein Domains - WUSTL (US). Хм Търсене - мотив за търсене на протеин Последователност използвайки Pfam-база данни с домейни протеин - WUSTL (САЩ).
MAST - Motif Alignment and Search Tool - Pasteur Inst (France). Мачтата - мотив съгласуване и инструмент за търсене - Пастьор Inst (Франция).
MEME - Multiple EM for Motif Elicitation - Pasteur Institute (France). MEME - Много EM мотив за Elicitation - Пастьор институт (Франция).
MOTIF - Pattern Search Service - Iowa State U (US) . Мотив - Фигури услуга за търсене - U-членка, Айова (САЩ).
PatternFind - Sequence Pattern Search- Pattern Search of several databases including: Swiss-Prot, TrEMBL, Swiss-Prot splice variants, trEST, trGEN, PatternFind - пореден Модела на търсене, търсенето на Модела на няколко бази данни, включително: Швейцария-Прот, TrEMBL, Швейцария-Прот splice варианти, trEST, trGEN,
trome, Current ENSEMBL peptides for all species, Microbial complete proteomes, RefSeq Release, RefSeq weekly updates, PATTINPROT - Query Sequence Pattern Search - Pole Bio-Informatique Lyonnaise (France), Pratt2.1 - Pattern Discovery Tool, Pratt - U Helsinki (Finland), Pratt - Pasteur Inst (France), Pratt - Inst Informatik-U Bergensis (Norway), Pratt - EBI (UK). trome, Current ENSEMBL пептиди за всички видове, микробни пълни proteomes, RefSeq Release, RefSeq седмична актуализация, PATTINPROT - Последователност на Модела на заявките за търсене - полюс Био-Наука Lyonnaise (Франция), Pratt2.1 - Фигури Дискавъри инструмента, Pratt - U Хелзинки (Финландия ), Pratt - Пастьор Inst (Франция), Pratt - Inst Informatik-U Bergensis (Норвегия), Pratt - EBI (Великобритания).
PROSITE - Profile Motifs Searches of ProSite Database. PROSITE - Профил мотиви ProSite претърсване на базата данни.
PROSITE Search - Genestream - IGH Montpellier (France). PROSITE Търсене - Genestream - ВГВЗК Монпелие (Франция).
ScanProsite - Scan a Protein Sequence against the PROSITE DB - ExPASy (Switzerland). ScanProsite - SCAN протеин Последователност срещу PROSITE БД - ExPASy (Швейцария).
PHYTOPROT The general procedure behind PHYTOPROT consists in performing an "all-by-all" comparison of (putative) protein sequences with the BIOFACET software, building clusters of sequences (Mohseni-Zadeh et al., Recomb 2003) based on their similarity and finally displaying à la Prodom the domains shared by the sequences in each cluster PHYTOPROT Производството по общия ред зад PHYTOPROT се състои в извършването на "всички по всички", сравнението на (putative) протеинови последователности с BIOFACET софтуер, изграждане на клъстери на последователности (Mohseni-Zadeh и др. Recomb 2003) въз основа на тяхната прилика и накрая показване в ла Prodom домейните, споделени от редиците на всяка купа
Integr8 Arabidopsis Thalania Provides information about protein using keyword search. Integr8 Arabidopsis Thalania дава информация за протеин, използвайки ключова дума за търсене. Contains Domain information within the search. Съдържа информация на домейни в рамките на търсенето.
Pfam Arabidopsis Protein Families Pfam Arabidopsis протеин семейства
Parasite Motif Search Parasite Motif Database. Паразит мотив за търсене паразит мотив база данни. Databases of: All Leishmania, Leishmania major Friedlin, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, All Crithidia, All kinetoplastids, Plasmodium falciparum, All Plasmodium, Toxoplasma gondii, All Apicomplexa, All Schistosoma, All Filarioidea. Бази данни за: Всички Leishmania, Leishmania големи Friedlin, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, Всички Crithidia, Всички kinetoplastids, Plasmodium falciparum, Plasmodium Всички, Toxoplasma gondii, Всички Apicomplexa, Всички Schistosoma, Всички Filarioidea.
Other Species at Integr8 Други видове, най-Integr8
Pfam other species Pfam други видове
Disclaimer / Terms of Service | Privacy Policy | ©2005-2007 Molecular Station.com, All rights reserved. Отговорности / Условия за ползване | Поверителност | © 2005-2007 молекулярна Station.com, Всички права запазени.
Send this page to a friend Изпратете страницата на приятел
![[أربيك]](http://www.molecularstation.com/translate/images/flag_ar.gif){kind=small}
