[بيوينفورمتيكس] ، بروتوكولات ، [دنا] [رنا] بروتين [بروتيوميكس]

بيتيّة>[دنا]>[دن-بروتين-ينتركأيشنس]>[إيندإكس.فب]

يعاير [دن-] بروتين تفاعلات

علمت حول كيف أن يعاير [دن-بروتين] تفاعلات.

يعاير [دنبروتين] تفاعلات

هناك أربعة تقنيات مهمّة ل يعاير [دن-بروتين] تفاعلات. يحدّ الأولى اثنان تقنيات (مرشح التصاق وهلام حركية تغير) إن [دنا] ك يكون يتفاعل مع بروتين. الأخرى يشير اثنان تقنيات ([دنس] [فووتبرينتينغ] و [دمس] [فووتبرينتينغ]) حيث الهدف موقعة التفاعل بين بروتين و [دنا] يكذب على ال [دنا].

مرشح التصاق

[نيتروسلّولوس] غشاء مرشحات [كمّونلي وسد] أن [فيلتر-ستريليز] حلول. [نيتروسلّولوس] مرشحات يستطيع قيّدت [دنا] ، غير أنّ فقط تحت شروط مؤكّدة. [سنغلسترندد] يقيّد [دنا] باستعداد إلى [نيتروسلّولوس] ، غير أنّ [دنا] [دووبل سترندد] ب بنفسي يتمّ لا. [أن ث ون هند] يقيّد بروتين ، وإن بروتين يكون حددت إلى [دنا] [دووبل-سترندد] ال [بروتين-دنا] مركبة سيقيّد. رجاء أحلت [نيتروسلّولوس] مرشح ملزمة فحص مادة ل كثير معلومة.

هلّمت حركية تغير

[إين وردر تو] قست [دن-بروتين] تفاعلات يعتمد هذا تقنية على الحقيقة بسيطة أنّ [دنا] صغيرة يتلقّى كثير حركية [هيغر] في هلام إستشراد من ال نفسه [دنا] يتمّ عندما هو حددت إلى بروتين. نحن لذلك يستطيع علمت نوع [دووبل سترندد] [دنا] جزء ، بعد ذلك يمزج هو مع بروتين ، و [إلكتروفورس] المركبة. بعد ذلك يعرض نحن الهلام في تصوير إشعاعيّ ذاتيّ أن يكشف ال يعلم نوع. ال [سملّ سز] من ال [دنا] مهمّة في هذا فحص. إن مورثة كاملة كان استعملت كان حركيته سابقا جدّا منخفضة ، والحركية تغير يسبّب ببروتين التصاق كان يصعب أن يكشف. لذلك نحن ينبغي عرفت تقريبا حيث البروتين يقيّد إلى ال [دنا] لذلك نحن يستطيع أعدّت قصيرة حصر جزء ، [أر فن] [أليغنوكليوتيد] اصطناعيّة [دووبل-سترندد] أنّ سيحتوي الهدف موقعة للبروتين ، غير أنّ قليلا وإلّا.

[دنس] [فووتبرينتينغ]

ما إن نحن نعرف أنّ يقيّد بروتين إلى يعطى [دنا] نحن يستطيع استعملت [فووتبرينتينغ] أن يجد خارجا حيث الهدف موقعة يكذب على ال [دنا]. يعتمد [دنس] [فووتبرينتينغ] على الحقيقة أنّ بروتين ، ب يقيّد إلى [دنا] ، يغطّي ال [بيندينغ ست] ولذلك يحمي هو من هجوم ب [دنس]. في هذا إحساس يترك هو "أثر قدم" على ال [دنا]. الخطوة أولى في [فووتبرينتينغ] تجربة أن [إند-لبل] ال [دنا]. نحن يستطيع علمت إمّا طاق ، غير أنّ فقط واحدة لكلّ تجربة. بعد ذلك ، يقيّد نحن البروتين إلى ال [دنا]. بعد ذلك يعامل نحن ال [دن-بروتين] مركبة مع [دنس] [إي] تحت [ميلد كنديأيشن] ([دنس] صغيرة جدّا) ، [س ثت] معدل من فقط واحدة يقطع يقع لكلّ [دنا] جزيء. بعد ذلك ، يزيل نحن البروتين من ال [دنا] ، يفصل ال [دنا] طيقان ، و [إلكتروفورس] ال ينتج [فرغمنتس] على [بولسلميد] [هي رسلوأيشن] يهلّمون إلى جانب حجم علامات. [فرغمنتس] سينشأون من الأخرى نهاية من ال [دنا] أيضا ، غير أنّ لن يكشفهم نحن لأنّ هم يكونون [أونلبلد]. نحن دائما نتضمّن تحكم مع [دنا] بانفراد (ما من بروتين) ، وعادة يستعمل أكثر من واحدة بروتين تركيز لذلك نحن يستطيع رأيت بالإختفاء تدريجيّة من النطق في الأثر قدم منطقة أنّ يعتمد حماية من ال [دنا] على التركيز من ال يضاف بروتين. يمثّل الأثر قدم المنطقة ال [دنا] يحمى بالبروتين ، ولذلك يقولنا حيث البروتين يقيّد.

[دمس] [فووتبرينتينغ]

يعطي [دنس] [فووتبرينتينغ] فكرة جيّدة من الموقعة من ال [بيندينغ ست] للبروتين ، غير أنّ [دنس] جزيئة ضخمة ولذلك جهاز بليدة بالأحرى ل يسبر التفاصيل دقيقة من ال [بيندينغ ست]. أيّ يعني ، أنّ هناك يمكن كنت ثغور في التفاعل بين بروتين ولم يكشف [دنا] أنّ [دنس] لم يلائم داخل ولذلك. فضلا عن ذلك ، [دنا] يشوّش بروتينات ملزمة غالبا ال [دنا] ضمن المنطقة ملزمة ، يشوّه اللولب مزدوجة. هذا اضطرابات ممتعة ، غير أنّ لا عموما كشفت ب [دنس] [فووتبرينتينغ] لأنّ البروتين يحافظ ال [دنس] بعيد. أن يتمّ أكثر مفصّلة [فووتبرينتينغ] ، يحتاج نحن جزيء صغيرة أنّ يستطيع لاءمت داخل الزوايا وشقوق من ال [دن-بروتين] معقّدة ويكشف أكثر من ال [سوبتلتي] من التفاعل. أداة مفضّلة ل هذا شغل ال يمثيل عاملة [ديمثلسولفت] ([دمس]).

مع [دمس] [فووتبرينتينغ] [سترت وفّ] نحن [إين ث سم وي س] في [دنس] [فووتبرينتينغ] ، ب [إند-لبلينغ] ال [دنا] والتصاق البروتين. بعد ذلك يمثيل نحن ال [دن-بروتين] مركبة مع [دمس] ، يستعمل معالجة لطيف [س ثت] على معدل فقط واحدة [مثلأيشن] حتّى يقع لكلّ [دنا] جزيء. بعد ذلك ، ينحّي نحن البروتين ، ويعامل ال [دنا] مع كاشف أنّ يزيل يمثيل [بورينس] ، يخلق موقعات [أبورينيك] ([ديوإكسريبوسس] دون أسس) على ال [دنا]. بعد ذلك يكسر نحن ال [دنا] في هذا موقعات [أبورينيك]. هذا ردّ فعل ال نفس بما أنّ [مإكسم-جلبرت] [دنا] يسلسل ردّ فعل. أخيرا يعصب نحن [إلكتروفورس] ال [دنا] [فرغمنتس] و [أوتورديوغرف] الهلام أن يكشف ال يعلم [دنا]. ينهي كلّ نطاق [نإكست تو] [نوكليوتيد] أنّ كان مثيلت ولذلك غير محميّ بالبروتين.

رأيت ال [دنا] جزيء في [3-ديمنسونس]