[بيوينفورمتيكس] ، بروتوكولات ، [دنا] [رنا] بروتين [بروتيوميكس]
![[نفيمغ1]](http://molecularstation.com/images/gblnav_left.gif){kind=small}
![[نفيمغ2]](http://molecularstation.com/images/glbnav_right.gif){kind=small}
بيتيّة>[بيوينفورمتيكس]>[فق]>[إيندإكس.فب]
بيتيّة>[بيوينفورمتيكس]>[فق]>[إيندإكس.فب]
![[تلو]](http://molecularstation.com/images/tl_curve_white.gif){kind=small}
![[تلو2]](http://molecularstation.com/images/tr_curve_white.gif){kind=small}
![[مولكلرستأيشن]](http://molecularstation.com/images/molecularstationlogo.jpg){kind=small} |
|---|
أنت يضطرّ سجّلت قبل أن أنت يستطيع عيّنت على ساحاتنا أو استعملت سماتنا متقدّمة. سجل الآن! ه حرّة وسريعة!
سابقا يسجّل ؟ [لوجن] الآن أدناه.
نسي سابقا يسجّل وكلمت سرّك ؟ طقطقة أدناه أن يستردّ هو.
محطة جزيئيّة ال [لرج نتوورك] من باحثات ، عالمات وعلم عاشقات في أيّ مكان!
حقيقة [سمبل ستتمنت] أنّ كلّ شخص يصدّ. هو بريئة ، ما لم يؤسّس مذنبة. فرضية رواية اقتراح أنّ لا أحد يريد أن يصدّ. هو مذنبة ، حتّى يؤسّس فعّالة. [إدورد] راوية
تقريبا ، يصف [بيوينفورمتيكس] أيّ إستعمال الحاسوبات أن يعالج معلومة أحيائيّة.
فعلا ، التعريف يستعمل ب كثير الناس ضيّقة ؛ [بيوينفورمتيكس] إلى هم مرادفة ل "علم الأحياء حسابيّة جزيئيّة"---الإستعمال الحاسوبات أن يميّز العناصر جزيئيّة من أشياء حيّة.
[تلك بووت] كثير عالم الأحياء "يتمّ [بيوينفورمتيكس]" عندما هم يستعملون حاسوبات أن يخزّن ، قارنت ، استرجعت ، حللت أو تنبّأت التركيب أو البنية الجزيء حيويّ. بما أنّ حاسوبات يصبحون أكثر قوّيّة أنت استطاع على الأرجح أضفت يتظاهر إلى هذا قائمة ميلان إلى جانب من [بيوينفورمتيكس] أفعال. "يتضمّن جزيء حيويّ" مادتك وراثيّة---[نوكليك سد]---والمنتوجات من مورثاتك: بروتينات. هذا الاهتمامات من "كلاسيكيّة" [بيوينفورمتيكس] ، يعالج أوّلا مع تسلسل تحليل.
سحب [كهيرودّين] [إيتم] إنتباهي إلى هذا تعريف هشّة [بيوينفورمتيكس] [دت بك] إلى 1987 ، من [ب.] [هوجوغ]: "[[بيوينفورمتيكس]] الدراسة من عمليات [إينفورمتيك] في نظامات حياتيّة"
يقدّم [فردج] [تكيا] في [إينستيتثت] [بستيور] هذا تعريف ال [بيوينفورمتيكس]:
"الرياضيّة ، إحصائيّة ويحسب طرق أنّ يهدف أن يحلّ مشاكل أحيائيّة يستعمل [دنا] و [أمينو سد] تسلسل ومعلومة متّصلة."
هو حسابيّا يهمّ خاصية من كثير جزيئات كبيرة أحيائيّة أنّ هم بوليمر ؛ دعا يؤمر سلاسل من وحدة نمطيّة بسيطة جزيئيّة مونومرات. فكّرت من المونومرات كخرز أو بناية قوالب أيّ ، على الرغم من يتلقّى مختلفة ألوان وأشكال ، كلّ يتلقّى ال نفسه سماكة وال نفسه طريق من يربط إلى واحدة آخر.
مونومرات أنّ يستطيع ضممت في سلسلة من ال نفسه صنف عامّة ، غير أنّ كلّ نوع المونومر داخل أنّ يتلقّى صنفه خاصّة مجموعة [ولّ-دفيند] صفة.
كثير مونومر جزيئات يستطيع كنت تلاقيت معا أن يشكّل وحيدة ، بعيدا كبيرة ، جزيئة ضخمة. جزيئة ضخمة يستطيع يتلقّى [إإكسقويستلي] خاصّة إعلاميّة راضي [أند/ور] خاصية كيميائيّ.
وفقا ل هذا خطة ، المونومرات في يعطى جزيئة ضخمة ال [دنا] أو بروتين يستطيع كنت عاملت معلوماتيّا كحرف من أبجدية ، يوضع معا في [بر-بروغرمّد] ترتيبات أن يحمل رسائل أو يعمل في خلية.
أتمّت الإنجاز عظيمة من [بيوينفورمتيكس] طرق ، الإنسانيّة جينات مشروع ، حاليّا يكون. بسبب هذا ال يغيّر طبيعة وأولويات من [بيوينفورمتيكس] بحث وتطبيقات. عمّمت غالبا محادثة [بورتنتووسلي] من معيشتنا في ال "[بوست-جنوميك]" عصر. منظرتي شخصيّة أنّ سيأثر هذا [بيوينفورمتيكس] في عدّة طرق:
نما علم الأحياء جزيئيّة بنفسي من علم طبيعة حيويّة. يعيّن المجتمعة بريطانيّة فيزيائيّ حيويّ علم طبيعة حيويّة بما أنّ:
"مجال بين القطاعات أيّ يطبّق تقنيات من الأعلام طبيعيّة إلى يفهم أحيائيّة بنية وعمل"كثير معلومة حول السطيحات مختلفة من الإنضباط يستطيع كنت أسّست في المجتمع موقعة يستضاف في [بيركبك] كلية ، لندن.
كتب مايك [غودريش] أن يسأل ماذا الوضع العلم طبيعة حيويّة كان أعطيت التعريف من علم الأحياء حسابيّة يقدّم ببول [سكهولت] (أدناه). عالج مادة أخيرة في العالمة [تسجيل حرّة يتطلّب] مع هذا سؤال---شكور إلى [جو] [ويإكسون] (يدير محررة من نسبيّة و [جنوميكس] وظيفيّة) للمرجع.
أتمّت عالم الأحياء حسابيّة أمكن اعترضت (رجاء) ، غير أنّ ، أنا أجد أنّ الناس يستعملون "علم الأحياء حسابيّة" عندما يتناقش أنّ فئة فرعيّة ال [بيوينفورمتيكس] (في الإحساس واسعة) [كلوسست] إلى المجال من علم الأحياء كلاسيكيّة عامّة.
يهمّبنفسي عالم الأحياء حسابيّة أكثر مع تطوّريّة ، السّكان وعلم الأحياء نظريّة [رثر ثن] خلية وطبّ أحيائيّ جزيئيّة. هو يتحتّم أنّ علم الأحياء جزيئيّة بعمق مهمّة في علم الأحياء حسابيّة ، غير أنّ ليس هو بالتّأكيد ماذا علم الأحياء حسابيّة يكون جميعا حول (يرى فقرة تالية). في هذا مناطق من علم الأحياء حسابيّة يبدو هو أنّ عالم الأحياء حسابيّة قد مالوا أن يفضّل نماذج إحصائيّة لأحيائيّة [فنومنوم] على [فسك-شميكل] أحد. هذا غالبا حكيمة…
اعترض واحدة عالم الأحياء حسابيّة (بول [ج] [سكهولت]) إلى الآنفة ويجعل النقطة شرعيّة كلّيّا أنّ هذا تعريف يستنتج من إستعمال شعبيّة من العبارة ، [رثر ثن] يصحّ واحدة. بول يعمل على [وتر فلوو] في معمل خلايا. هو يشير أنّ علم حركة أحيائيّة مائعة مجال من علم الأحياء حسابيّة في بنفسي. رأيت هو يجادل أنّ هذا ، وأيّ تطبيق من يحسب إلى علم الأحياء ، يستطيع كنت وصفت بما أنّ "علم الأحياء حسابيّة" (أيضا ال "سائبة" تعريف ال [بيوينفورمتيكس] أدناه). حيث نحن نتعارض ، ربّما ، في الاستنتاج هو يسحب من هذا---أيّ أنا أنسخ [إين فولّ]:
"ليس علم الأحياء حسابيّة "مجال" ، غير أنّ "مقاربة" يتضمّن الإستعمال الحاسوبات أن يدرس عمليات أحيائيّة وبالتّالي هو منطقة مثل متنوّعة بما أنّ علم الأحياء بنفسي."
عبّر عن ريتشارد [دوربين] ، رأس المعلوماتية في [ولّكم] ثقة [سنجر] معهد ، رأي ممتعة على هذا تمييز في مقابلة:
"لا يفكّر أنا كلّ أحيائيّة يحسب [بيوينفورمتيكس] ، [إ.غ.] رياضيّة يشكّل ليس [بيوينفورمتيكس] ، [إفن وهن] يربط مع مشاكل [بيولوج-رلتد]. في رأيي ، [بيوينفورمتيكس] يضطرّ أتمّت مع إدارة والإستعمال لاحقة من معلومة أحيائيّة ، معلومة خاصّة وراثيّة."
الطبيّة معلوماتية يزوّد [فق] (ما من علاقة) التعريف تالي:
"معلوماتية طبّيّ أحيائيّ [إمرجنغ] إنضباط أنّ يتلقّى يكون عيّنت كالدراسة ، إختراع ، وتزويد من بنى وخوارزميات أن يحسن اتّصال ، تفهم وإدارة من معلومة طبيّة."
أنّ يدلّ [فق] أيضا هنا
يؤكّد [أمير] [زكريا] ، المؤلفة من ال [فق] ، أنّ معلوماتية طبيّة أكثر تعلّقت مع بنى وخوارزميات للمعالجة من معطيات طبيّة ، [رثر ثن] مع المعطيات بنفسي.
هذا يقترح أنّ يكذب واحدة فرق بين [بيوينفورمتيكس] ومعلوماتية طبيّة بما أنّ إنضباطات مع مقاربتهم إلى المعطيات ؛ هناك [بيوينفورمتيسنس] يهمّ في النظرية خلف المعالجة من أنّ معطيات وهناك [بيوينفورمتيكس] عالمات يتعلّق مع المعطيات بنفسي وتضمناته أحيائيّة. (يصدّ أنا أنّ جيّدة [بيوينفورمتيكس] باحثة سوفت كنت راغبة في [بوث وف ثيس] مظاهر من المجال.)
معلوماتية طبيّة ، لأسباب عمليّة ، أكثر مرجّحة أن يعالج مع معطيات ينال في "[غروسّر]" مستويات أحيائيّة---أنّ معلومة من نظامات [سوبر-سلّولر] ، [ريغت وب تو] الالسّكان مستوى---بينما كثير [بيوينفورمتيكس] يكون تعلّقت مع معلومة حول خلويّة وحيويّ جزيء بنى ونظامات.
على [بوث وف ثيس] نقطات كان أنا سعيدة ل أيّ طبيّة معلوماتية إختصاصيات أن يصحّني.
النسيج يصف إعلان لكمبريدج [هلثتش] معهد سادسة سنويّة [شمينفورمتيكس] مؤتمر المجال لذلك:
"استعمل الإدماج من تأليف كيميائيّ ، أحيائيّة غربلة ، و [دت-مينينغ] مقاربة أن يرشد عقار إكتشاف وتطوير"
غير أنّ يصوّت هذا ، ثانية ، أشبه مجال يكون يعيّن ب بعض من ه أكثر شعبيّة (ومربحة) أنشطة ، [رثر ثن] ب يتضمّن [ألّ ث] دراسات متنوّعة أنّ يأتي تحت ترويسته عامّة.
يبدو القصة من واحدة من العقارات ناجحة أكثر من كلّ وقت ، بنسيلين ، غريبة ، غير أنّ الطريق نحن نكتشف ويطوّر عقارات حتّى الآن يتلقّى تشابهات ، يكون النتيجة الفرصة ، بطاقة و [ا لوت] من بطيئة ، كيمياء شديدة. [أونتيل رسنتلي] ، عقار بدا تصميم دائما يحكم أن يستمرّ أن يكون [لبوور-ينتنسف] ، [تريل-ند-رّور] عملية. الإمكانية من يستعمل معلومة تكنولوجيا ، أن يخطّط بذكاء وأن يشغل عمليات يرتبط إلى التأليف كيميائيّ من يمكن مركبات [ثربيوتيك] جدّا مثيرة لصيادلة وكيميائيّ حيويّ. المكافآت ل يحضر عقار أن يتسوّق أكثر بسرعة ضخمة ، هكذا بشكل طبيعيّ هذا ماذا [ا لوت] من [شمينفورمتيكس] أعمال يكون حول.
هنا صفحة مع ميل تجاريّة أيّ يقترن إلى بعض نقاشات ممتعة من العبارة "[شمينفورمتيكس]" ، ماذا هو يعني ، ما إذا أو لا يتواجد هو كإنضباط بارزة ، وحتّى ما إذا هو سوفت كنت استبدلت ب "[شموينفورمتيكس]".
الفسحة بين دعامتين من [شمينفورمتيكس] أكاديميّة يوسع ومثّلت بالفوائد من ال [شمينيفورمتيكس] مجموعة في المركز لجزيئيّة ومعلوماتية حيويّ جزيء في الجامعة [نيجمجن] في هولندا. يتضمّن هذا فوائد:
ثالوث جامعة [شمينفورمتيكس] يتعلّقبنفسي [وب بج] ، ل آخر مثال ، مع [شمينفورمتيكس] كالإستعمال من الإنترنت في كيمياء.
[جنوميكس] مجال أيّ تواجد قبل الإنجاز من التسلسل الجينات ، غير أنّ في ال [كرودست] من أشكال ، مثلا ال [أفت-ر-رفرنسد] تقدير من 100 000 مورثات في الجينات إنسانيّة يستنتج من [ا] (ن) (داخل) قطعة مشهورة من "خلفيّة من غلاف" [جنوميكس] ، يخمّن الوزن الصبغيّات والكثافة من المورثات يحمل هم. [جنوميكس] أيّ محاولة أن يحلّ أو قارنت التكملة كاملة وراثيّة من نوع أو نوع ([بلورل]). هو ، [أف كورس] يمكن أن يقارن جينات ب يقارن [مور-ور-لسّ] فئة فرعيّة تمثيليّة مورثات ضمن جينات.
علم الأحياء رياضيّة يتيح أن يميّز من [بيوينفورمتيكس] من علم الأحياء حسابيّة. يعالج علم الأحياء رياضيّة أيضا مشاكل أحيائيّ ، غير أنّ الطرق هو يستعمل أن يعالجهم يحتاجون لا يكون عدديّة ويحتاج لا يكون طبّقت في برمجيّة أو جهاز. حقّا ، يحتاج هذا طرق لا "يحلّ" أيّ شيء ؛ في علم الأحياء رياضيّة اعتبرت هو كنت معقولة أن ينشر نتيجة أيّ فقط يؤسّس أنّ مشكلة أحيائيّة ينتسب إلى صنف خاصّة عامّة.
أضءت التمييز بين [بيوينفورمتيكس] وعلم الأحياء رياضيّة كان ببريد إلكترونيّ أنا استلمت من أليكس [كسمن] في الكلية شارلستون. وفقا ل ه يعمل تعريف ، ميّز هو [بيوينفورمتيكس] أيّ (تحت التعريف مشدودة على الأقلّ)…
يبدو "… أن ركّز على تقريبا حصريّا على خوارزميات خاصّة أنّ يستطيع كنت طبّقت إلى كبيرة جزيئيّة أحيائيّة معطيات مجموعة…"
… من علم الأحياء رياضيّة أيّ…
يتضمّن "… أشياء من فائدة نظريّة أيّ ليس بالضّرورة خوارزميّة ، لا بالضّرورة جزيئيّة في طبيعة ، وليس بالضّرورة مفيدة في يحلّ يجمع معطيات."
عيّن مراجعات أخيرة على [بروتيوميكس] في الجريدة طبيعة المجال هذا طريق:
"العبارة سككت [بروتيوم] كان أولى أن يصف المجموعة البروتينات يرمّز ب ال [جنوم1]. يثير الدراسة من ال [بروتيوم] ، يدعى [بروتيوميكس] ، الآن ليس فحسب [ألّ ث] بروتينات في أيّ يعطى خلية ، غير أنّ أيضا المجموعة من كلّ بروتين [إيسفورمس] وتعديلات ، التفاعلات بين هم ، الوصف إنشائيّة من بروتينات ومركباتهم [هيغر-وردر] ، ول أنّ أمر تقريبا كلّ شيء "[بوست-جنوميك]"."
يعيّن مايكل [ج.دونّ] ، ال [إديتور-ين-شف] [بروتيوميكس] ال "[بروتيوم]" بما أنّ:
"ال [بروتين] تكملة من ال [جنوم]"
و [بروتيوميكس] أن يكون تعلّقت مع:
"نوعيّة ودراسات كمّيّ من مورثة تعبير في المستوى من البروتينات وظيفيّة بنفسي"
أنّ:
"قارن بين بروتين كيمياء حيويّة وعلم الأحياء جزيئيّة"
يميّز ال كثير [تن] الآلاف البروتينات عبّر عن في يعطى خلية نوع [أت ا جفن تيم]---ما إذا يقيس هم [مولكلر ويغت] أو نقطات متساوي جهد كهربائيّ ، يعيّن [ليغند] هم أو يحدث بنىهم ---يتضمّن التخزين ومقارنة من رقم ضخمة معطيات. حتميّا يتطلّب هذا [بيوينفورمتيكس]. هنا مراجعات [سكبتيك] بشكل بنّاء ب [لوكس] [هوبر].
[فرمكجنوميكس] التطبيق من [جنوميك] مقاربة وتكنولوجيا إلى التحقق من عقار أهداف. مثل يتضمّنون يصيد جينات كاملة لمستقبل ممكنة ب [بيوينفورمتيكس] [منس] ، أو ب يتحرّى أساليب من مورثة تعبير في على حدّ سواء ممرضات ومضيفات أثناء تلوث ، أو ب يفحص المميّزة تعبير أساليب يؤسّس في ورم أو مريضات عينات لأغراض تشخيصيّة (من المحتمل في المطاردة من ممكنة سرطان معالجة أهداف).
استعملت العبارة "[فرمكجنوميكس]" للأكثر "تافهة"---غير أنّ بالمناقشة أكثر مفيدة---يقارب تطبيق ال [بيوينفورمتيكس] إلى ال يفهرس ويعالج من معلومة [رلتينغ تو] علم العقاقير وعلم وراثة ، مثلا التراكم من معلومة في قاعدة معطيات مثل هذا واحدة. (شكور إلى [إيفنوفي].)
يستجيب كلّ فردات بطريقة مختلفة إلى عقار معالجة ؛ بعض إيجابيّا ، أخرى مع بعض تغير واضحة في شروطهم [أند ت] أخرى مع [سد فّكت] أو ردّ فعل حساسيّة. عرفت كثير من هذا تنوع أن يتلقّى أساس وراثيّة. صيدلة وراثيّة فئة فرعيّة ال [فرمكجنوميكس] أيّ يستعمل [جنوميك/بيوينفورمتيك] طرق أن يعيّن إرتباطات [جنوميك] ، مثلا [سنبس] (وحيدة [نوكليوتيد] تعدّد الأشكال) ، مميّزة من خاصّة صبور إستجابة قطاع جانبيّ واستعملت أنّ علامات أن يعلم الإدارة وتطوير من معالجة. [ستريكينغلي] ، استعملت هذا مقاربتا يتلقّى يكون أن "يبعث" عقارات يفكّر سابقا أن يكون غيرفعّال ، غير أنّ فيما بعد يؤسّس إلى عمل مع في فئة فرعيّة المريضات. هم يستطيع أيضا كنت استعملت ل يجعل الجرع العلاج كيميائيّ لمريضات خاصّة.
أتمّت [بيوينفورمتيكس] يوميّة مع تسلسل بحث برامج مثل انفجار ، تسلسل تحليل برامج ، مثل ال [إمبوسّ] و [ستدن] مجموعة ، بنية تنبّؤ برامج مثل [ثردر] أو [فد] أو جزيئيّة تمثيل/يشكّل برامج مثل [رسمول] و [وهتيف].
حاليّا ، تعلّقت [ا لوت] من [بيوينفورمتيكس] عمل مع التكنولوجيا القاعدة معطيات (شكور ثانية إلى [إيفنوفي].) هذا قاعدة معطيات يتضمّنون كلا "عامّة" مستودعات من مورثة معطيات مثل [جنبنك] أو البروتين [دتبنك] (ال [بدب]) ، وقاعدة معطيات خاصّة ، مثل أنّ يستعمل ب [رسرش غرووب] يتضمّن في مورثة يخطّط مشاريع أو أنّ يمسك ب [بيوتش] شركات. يجعل هذا قاعدة معطيات يتيسّر عن طريق معايير مفتوحة جدّا مهمّة. يستعمل مستهلكات من [بيوينفورمتيكس] معطيات مدى من حاسوب مناص: أسّس من الأكثر قوّيّة ويمنع [أونيإكس] صناديق يؤيّد بالمطورات وأمينات إلى ماك ودّيّة بعيدا غالبا يؤهّل المختبرات من عالم الأحياء [كمبوتر-وري].
قاعدة معطيات من موجودة يسلسل معطيات يستطيع كنت استعملت أن يعيّن نظائر من جزيئات جديدة أنّ يتلقّى يكون ضخخت وسلسلت في المختبرة. يرى الخاصية من يشارك سلف عاديّة ، تناظر ، يستطيع كنت مؤشر قوّيّة جدّا في [بيوينفورمتيكس] (أدناه).
[بيوينفورمتيكس] أدوات يستطيع كنت استعملت أن ينال تسلسل من مورثات أو بروتينات الفائدة ، إمّا من مادة ينال ، يعلم ، يعدّ ويفحص في [إلكتريك فيلد] بفرديّة باحثات/مجموعة أو من مستودعات التسلسل من سابقا يتحرّى مادة.
كلا أنواع التسلسل يستطيع بعد ذلك كنت حللت في كثير طرق مع [بيوينفورمتيكس] أدوات.
هم يستطيع كنت جمّعت. لاحظت أنّ هذا واحدة من المناسبات عندما يختلف المعنى من عبارة أحيائيّة بشكل ملحوظ من حسابيّة واحدة (رأيت ال يسلّي إرباك على الإصدار في [وب-بسد] [جك] ساحة [سلشدوت]). يبعد [كمبوتر سكينتيست] ، من عقلك أيّ فكرة ال [أسّمبلي لنغج]. يسلسل يستطيع فقط كنت أنجزت لإمتدادات قصيرة نسبيّا من جزيء حيويّ وأعدّت ينهى تسلسل لذلك ب يرتّب يتراكب "يقرأ" من مونومرات (خرز وحيدة على سلسلة جزيئيّة) داخل ممر وحيدة مستمرّة من "رمز". هذا الإحساس [بيوينفورمتيك] اجتماع.
هم يستطيع كنت خطّطت---[ثت يس,] تسلسلهم يستطيع كنت أعربت أن يجد موقعات حيث ما يسمّى "حصر أنزيمات" سيقطعونهم.
هم يستطيع كنت قارنت ، عادة ب يحوذ يماثل قطعات ويفتّش تلاءم ويسيء حرف في تسلسلهم. قلت مورثات أو بروتينات أنّ يكون بشكل كاف مماثلة يكون مرجّحة أن يكون ارتبطت ولذلك أن يكون "متشاكلة" [تو ش وثر]---الحقيقة كاملة بالأحرى أكثر معقّدة من هذا. دعات هذا ابن عمّ "نظائر".
إن نظير (جزيء متّصلة) يتواجد ، بعد ذلك حديثا يكتشف بروتين يمكن كنت شكّلت---أنّ البنية [ثري-ديمنسونل] من المورثة منتوج يستطيع كنت تنبّأت دون يتمّ مختبرة تجارب.
[بيوينفورمتيكس] استعملت في تصميم مبتدأ. ضخخت كبسولة تفجير تسلسل قصيرة يحتاج أن يجعل كثير نسخ من () قطعة ال [دنا] بما أنّ يستعمل في [بكر] (ال [بولمرس] [شين ركأيشن]).
[بيوينفورمتيكس] استعملت أن يحاول أن يتنبّأ العمل من حقيقيّة مورثة منتوجات.
استعملت معلومة حول التشابه ، و, ضمنيّا ، ال [رلتدنسّ] البروتينات أن يتتبّع ال "[فميلي تر]" من جزيئات مختلفة من خلال وقت تطوّريّة.
هناك تطبيقات [فريووس وثر] [كمبوتر نلسس] أن يسلسل معطيات ، غير أنّ ، مع كثيرا [رو دتا] يكون يولد بالإنسانيّة جينات مشروع وأخرى مبادرات في علم الأحياء ، حاسوبات حاليّا أساسيّة ل كثير عالم الأحياء فقط أن يدير نتيجاتهم [د-تو-دي]
جزيئيّة يشكّل/علم الأحياء إنشائيّة ينمو مجال أيّ يستطيع كنت اعتبرت جزء ال [بيوينفورمتيكس]. هناك ، مثلا ، أدوات أيّ يسمح أنت (غالبا عن طريق الشبكة) أن يجعل تنبّؤات [برتّي غود] من البنية ثانويّة بروتينات ينشأ من يعطى [أمينو سد] تسلسل ، غالبا يؤسّس على يعرف "يحلّ" بنى وأخرى يسلسل جزيئات يكتسب بعالم الأحياء إنشائيّة.
يستعمل عالم الأحياء إنشائيّة "[بيوينفورمتيكس]" أن يعالج الضخمة ومعطيات معقّدة من أشعّة سينيّة علم بلّوريّة ، [منتيك رسننس] ([نمر]) و [إلكترون ميكروسكبي] تحقيقات وخلقت النماذج [3-د] جزيئات أنّ يبدو أن يكون في كلّ مكان في الأوساط.
لسوء الحظّ استعملت الكلمة "خريطة" في عدّة طرق مختلفة في علم الأحياء/[جنتيكس/بيوينفورمتيكس]. التعريف يعطى أعلاه الواحدة [موست فرقونتلي] يستعمل في هذا سياق ، غير أنّ مورثة يستطيع كنت قلت أن يكون "خطّطت" عندما ه واجدة عيّنت صبغيّة يتلقّى يكون ، عندما ه طبيعيّة أو بعد وراثيّة من أخرى مورثات أسّست و---بعض غالبا---عندما ال أسّست بنية وموقعات من ه مختلفة [كدينغ] عناصر (ه "[إإكسون]").
هناك أخرى مجالات---مثلا طبيّة تمثيل/[إيمج نلسس] أيّ أمكن كنت اعتبرت جزء ال [بيوينفورمتيكس]. هناك أيضا كلّ أخرى إنضباط من [بيولوجكلّ-ينسبيرد] حساب ؛ خوارزميات وراثيّة ، [أي] ، [نيورل نتوورك]. غالبا يتفاعل هذا مناطق في طرق غريبة. استعملت [نيورل نتوورك] ، يلهم بنماذج خام من ال يعمل من عصب خلايا في الدماغ ، في برنامج يدعى [فد] أن يتنبّأ ، بشكل عجيب بدقّة ، البنى ثانويّة بروتينات من تسلسلهم أوّليّة.
ماذا كلّ [بيوينفورمتيكس] تقريبا يتلقّى في عامة ال يعالج من مبلغات كبيرة من [بيولوجكلّ-دريفد] معلومة ، ما إذا يسلسل [دنا] أو صدر [إكس-رس].
"كيف قديمة يكون [بيوينفورمتيكس] ؟" يعتمد الجوابة إلى هذا واحدة على الذي مصدر أنت تختار أن يقرأ.
من [ت] [ك] [أتّووود] و [د] [ج] [برّ-سميث] "تقديم إلى [بيوينفورمتيكس]" ، [برنتيس-هلّ] 1999 [[لونغمن] تربية [هيغر] ؛ [إيسبن] 0582327881]:
"العبارة استعملت [بيوينفورمتيكس] أن يحوي كلّ [كمبوتر بّليكأيشن] تقريبا في أعلام أحيائيّة ، غير أنّ كان أصلا سككت في المنتصف الثمانينات للتحليل من أحيائيّة تسلسل معطيات."
من علامة [س.] [بوغسكي] مادة في ال "اتّجاهات مرشدة إلى [بيوينفورمتيكس]" [إلسفير] ، يلحق اتّجاهات 1998 [ب1]:
"العبارة "[بيوينفورمتيكس]" إختراع أخيرة نسبيّا ، لا يظهر في الأدب حتّى 1991 وبعد ذلك فقط في السياق من الظهور من إلكترونيّة ينشر…
"… مهما ، يشكّل بعض من دوري [وه]n I was a graduate student (Margaret O. Dayhoff, Russell F. Doolittle, Walter M. Fitch and Andrew D. McLachlan) had been building databases, developing algorithms and making biological discoveries by sequence analysis since the 1960s---long before anyone thought to label this activity with a special term (if anything it was called `molecular evolution'). Even a relatively new kid on the block, the National Center for Biotechnology Information (NCBI), is celebrating its 10th anniversary this year, having been written into existence by US Congressman Claude Pepper and President Ronald Reagan in 1988. So bioinformatics has, in fact, been in existence for more than 30 years and is now middle-aged."
It's notoriously difficult to find any books on bioinformatics itself that cater well for all of those coming from computing, from mathematics and from biology backgrounds. The few textbooks available in the field tend to be eyewateringly expensive as well. I've divided suggested reading into books of general interest, those best suited to people coming from a computational/mathematical background and books for biologists interested in bioinformatics. Where a book is also listed in Bioinformatics.Org's books section I have linked the title to the relevant entry there. Links to other lists of bioinformatics books follow this section of suggested reading.
Many people are curious about the Human Genome (Project). The completion of the first draft probably represents bioinformatics' coming of age as a discipline. The first couple of books are aimed at the intelligent layperson.
A gossipy and insightful account of the race to sequence the genome can be found in "The Sequence" by Kevin Davies [Weidenfeld; ISBN 0297646982]. Matt Ridley's "Genome" [Fourth Estate; ISBN 185702835X] is both an interesting layperson's introduction to the issues raised by the bioinformatic revolution and an overview of its biology and enormous scope. If I remember rightly, Ridley's book received a slightly snooty review from Walter Bodmer. This is understandable, since his and Robin McKie's excellent "pre-genomic" guide to the Human Genome Mapping Project, "The Book of Life" [Oxford Paperbacks; ISBN 0195114876] was undeservedly in a remainders bin when I bought my copy a couple of years ago.
If you are a non-biological scientist (or a non-scientist) and are hooked by these, why not go back to the "real beginning" of the race and read James Watson's entertaining and indiscreet memoir of his and Francis Crick's determination of the structure of DNA, "The Double Helix" [Penguin; ISBN 0140268774]---now updated with an introduction by media don Steve Jones.
Nigel Barber at Peterborough Regional College in the UK recommends Gary Zweiger's "Transducing the Genome" [McGraw-Hill Professional Publishing: ISBN 0071369805]. The summary at Amazon makes it sound a tad pretentious, but all the reviews seem pretty positive so it might be worth a read.
If you are a quantitative scientist and would like a deeper knowledge of contemporary (molecular) biology, but you want to acquire it as painlessly as possible you could try the following:
There are two classic competing texts in cell and molecular biology which Maximilian Haeussler reminds me to include: Alberts et al's Molecular Biology of the Cell [Garland Science: ISBN 0815340729] and Molecular Biology of the Gene [Benjamin Cummings: ISBN 0321248643].
If you are a hardcore maths/computing person Michael Waterman's "Introduction to Computational Biology" [Chapman & Hall/CRC Statistics and Mathematics; ISBN 0412993910] and Pavel Pevzner's "Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach" [The MIT Press (A Bradford Book); ISBN 0262161974] will give you all the discrete maths you can shake a stick at, but perfunctory introductions to the biology.
Bioinformatics.Org's very own Jeff Bizzaro recommends Dan Gusfield's "Algorithms on Strings, Trees and Sequences" [Cambridge, 1997 ISBN 0-52158-519-8], Richard Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison "Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids" [Cambridge, 1997 ISBN 0-52162-971-3] (which I think is one of the clearest and most comprehensive guides to alignment algorithms) and---for that full "computers-to-biology conversion"--- Geoffrey M. Cooper "The Cell: A Molecular Approach" [ASM Press, 1996 ISBN 0-87893-119-8]. Jeff Ames writes that a second edition of this book is now available [Sinauer Associates, Incorporated, 2000 ISBN 0-87893-106-6] and that this version---if you can find it in the shops---comes with a CD.
One outstanding general text for the biologist is David W. Mount's "Bioinformatics" [Cold Spring Harbor Press; ISBN 0879696087]. It's not cheap, but it's the best I've seen if you are studying bioinformatics itself.
Bioinformatics has been dismissed by some as "the science of BLAST searches". The best collection of advice so far on doing BLAST searches is O'Reilly's BLAST book by Ian Korf, Mark Yandell and Joseph Bedell [O'Reilly ISBN 0-596-00299-8]. I reviewed it enthusiastically, but not uncritically, for the UK UNIX Users' Group magazine. I'd go as far as to say that all biologists thinking of using BLAST in their research should read the relevant sections before they even go near a computer.
If you wish to use general bioinformatics tools, especially if you are a little wary of computers, my new "best" book is "Bioinformatics for Dummies" [John Wiley and Sons ISBN 0764516965]. It is (obviously) aimed at people who are beginners, who are happier using the Web rather than typing commands, and who are more interested in learning than in impressing people---the writing is friendly clear and unpretentious. However, like several of my other tips (below) it concentrates on Web-based resources so it will, inevitably, date. (This is partially compensated for by there being a companion Website.)
Also, if you're coming to the subject as a computer user with a biological background, looking to exploit the many tools available, you might want to try Terry Attwood and David Parry-Smith's "Introduction to Bioinformatics" [Longman Higher Education; ISBN 0582327881], or Des Higgins and Willie Taylor's "Bioinformatics: Sequence Structure and Databanks" [Oxford University Press; ISBN 0199637903]. Another excellent practical introduction is Andreas Baxevanis and Francis Oulette's "Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins" [Wiley-Interscience; ISBN 0471383910], now in its new and improved second edition. Bax teaches bioinformatics all over Canada and the experience shows. Arthur Lesk has also produced an excellent teaching book particularly for protein bioinformatics in his Introduction to Bioinformatics
Bioinformatics.Org also recommends Cynthia Gibas and Per Jambeck's "Developing Bioinformatics Skills" [O'Reilly, 2001 ISBN 1-56592-664-1].
Stuart Brown recommends his own book "Bioinformatics: A Biologist's Guide to Biocomputing and the Internet" [Eaton Pub Co; ISBN: 188129918X]. If he sends me a review copy I might recommend it too ;-) .
"Darwin's Radio" by Greg Bear [Ballantine Books, ISBN: 0345435249] is a wonderful hard SF thriller which stretches ideas derived from genome discoveries to their breaking point. It's gripping and humane.
Leonard Crane, the author of Ninth Day of Creation kindly sent me a copy for review. So far it's an excellent read. I haven't finished it yet, not because it isn't a rattling good story, but because, like "Darwin's Radio", it is very long and because I am very busy. If you'd like to read a well-researched, but speculative, novel containing actual scenes of practising bioinformatics then try it.
Ken Allen contributed the following reviews:
"Frameshift [Tor Books, ISBN: 0812571088] by Robert J. Sawyer---based around the HGP---reasonable read, but poor / confused ending."
Calculating God [Tor Books, ISBN: 0812580354]by the same author---has a subtler bio connection and is a much better read. Near the start an alien spacecraft lands, the alien emerges and says 'take me to your paleontologist'
Further suggestions for this section are welcome.
See also compbiology.org's list, Steve Brenner's list, and Aik Choon Tan's collection of books.
The biggest and best source of bioinformatics links I have encountered is the Genome Web at the Rosalind Franklin Centre for Genomics Research at the Genome Campus near Cambridge, UK. Most of the links below come from that resource. My list is necessarily limited by comparison.
[XXXX INSERT DETAILS OF MORE SEQUENCING CENTRES HERE]
[XXXX INSERT DETAILS OF STANDARDS CENTRES HERE]
[XXXX INSERT MORE DETAILS OF VIRTUAL BIOINFORMATICS CENTRES HERE]
A great place to start, whether you come from a biological, physical or computational background is at Martin Vingron's superb online bioinformatics tutorial. (Begin by choosing a section from the left-hand-side menu bar.)
Tom Smith and Don Emmeluth have produced a nice little exploration of bioinformatics using NCBI resources and tools.
I recently stumbled upon a promising set of online lecture notes currently under construction by B. Steipe at the Genzentrum (Gene Center) at the Ludwig-Maximilians-Universität München (University of Munich).
A defiantly frames-free chemistry tutorial site.
First of all, an almost completely painless introduction to the horrors of the quadratic equation by Peter Whalen, James Walker, and Drew Marticorena.
C. J. Schwarz of the Department of Statistics and Acturial Science, Simon Fraser University has produced a course in statistics which is accompanied by set of sound, online PDF handouts.
Here is a great guide to a whole array of statistical learning/teaching resources prepared by Juha Puranen of the University of Helsinki (English).
Estrella Mountain Community College in the States offers this excellent short introduction to biology (actually "The Nature of Science and Biology". It's a great place for keyboard jockeys to start their journey to enlightenment. Thanks to Alex O'Neill for pointing out the broken link.
The Dolan DNA Learning Center at Cold Spring Harbor has an outstanding interactive tutorial introducing genetics. To take full advantage of the multimedia elements you should download the Flash and Real players.
The Institute of Arable Crop Research Beginner's Guide to Molecular Biology
Unilever Education Advanced Series tutorial on proteins.
The University of Arizona has made available a high-quality tutorial in cell biology. Not only does it cover the facts, but it also attempts to introduce some of the philosophy of the field---recommended. Even better, it's also available en Español and in Italiano.
Once you've worked your way through that you might like to see some scanning electron microscope images of some of the structures you've read about taken by members of John Heuser's lab.
Bob Patterson maintains his "Darwiniana" with amazing diligence.
jump straight to introduction to education section
This section is not complete, but contributions to broaden its coverage are welcome. Please do not direct questions about eligibility, course quality or admissions policy to me, but to ask the individual institutions directly. Use the links to obtain contact details. If an institution doesn't provide telephone numbers/email addresses or snailmail details on its Web site it doesn't deserve your patronage.
This resource focuses on complete, full-time degree programmes rather than on individual study modules. Curating a list of the latter would be a full-time job. You can go to other places, however, if you are looking for short courses. Thanks to various contributors, including Wentian Li who pointed me to this list at Rockefeller which is mirrored at various other sites. And to Humberto Ortiz Zuazaga for mailing me a link to the ICSB, where you can find this list.
If you are interested in U.S. programmes, here's a list from Curtin and here's a list from Stanford. Thanks to Amelie Stein who also supplied some of the individual entries in this section.
Those wanting to find programmes in the Asia Pacific region could have a look at this resource maintained by the Asia Pacific Bioinformatics Network APBioNet. Thanks to Sentausa.
In the UK The Bioinformatics Resource (part of the BBSRC's CCP11 project) project maintains (among many other resources) lists of (mainly) British Masters and PhDs in bioinformatics. If you have any suggestions or updates please contact me with them. You can publicize your course and offer a public service at the same time.
Rhodes University, Grahamstown, South Africa offers an MSc. in Bioinformatics and Computational Molecular Biology. Thanks to Natalie Twine.
Cathal Seoighe wrote a while back about the South African National Bioinformatics Institute (SANBI). Ruediger Braeuning has since written to point out that bioinformatics training in South Africa has been radically reorganized. He says:
"A new institute, the National Bioinformatics Nework (NBN), has been created. We have nodes at Universities all over the country (UWC, UCT, SUN, RU, UKZN, UP, WITS). Our main tasks are to:
- develop capacity in Bioinformatics
- perform world-class research
- support local Biotechnology initiatives
"We do offer courses on various topics in Bioinformatics ranging in length from 3 days to several weeks. We also train Bioinformaticists on MSc, PhD and post doc level. Undergraduate programs are currently being developed. Bursaries are available. For more information visit our Website."
South African National Bioinformatics Institute (SANBI) Honours Bioinformatics Course at the University of the Western Cape. Next year the same institute will be offering a Master's in bioinformatics---thanks to Cathal Seoighe.
If you know of any other bioinformatics courses on the African continent please feel free to mail me about them.
According to Pablo Nehab-Hess the Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), Brazil and the Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) recently created a joint Bioinformatics MSc programme, through the Genetics Department of UFRJ and the Department of Applied Computational Mathematics of LNCC.
Thanks to Jordan Patterson for the information that the University of Alberta offers four-year Biology or
أرسلت هذا صفحة إلى صديقة
![[بيوينفورمتيكس] [فق]](http://www.molecularstation.com/images/questionmarkopt.jpg){kind=small}
![[بيوينفورمتيكس] ساحة](http://www.molecularstation.com/images/forumicon.gif){kind=small}
![[بيوينفورمتيكس] أخبار](http://www.molecularstation.com/images/newsicon.jpg){kind=small}
![[بيوينفورمتيكس] [بلوغ]](http://www.molecularstation.com/images/blog.gif){kind=small}